人类和鼠狐猴:分化超6000万年的灵长类物种,却具有高度相似的全基因组紫外线修复谱
核苷酸切除修复是去除大量DNA加合物的重要机制,包括紫外线导致的DNA损伤。许多技术已经发展到检测DNA损伤和修复,其中一些技术是基于下一代测序,可以提供全基因组信息。
迄今为止,包括大肠杆菌、酿酒酵母、果蝇、拟南芥、小家鼠和智人在内的模式生物的全基因组修复图谱已经生成。Akkose等人想要比较人类和一种严重分化的非人灵长类动物之间的修复模式,他们选择了灰鼠狐猴(Microcebus murinus)。尽管我们目前对这个物种的基因组特征,如表观遗传图谱、转录组和甲基组等尚缺乏深入了解,但最近一项关于灰狐猴的染色体水平参考基因组研究表明,鼠狐猴和人类同源性共有约91%的相似性。
鉴于鼠狐猴和人类在灵长类进化支的基础上拥有共同的祖先,人类和鼠狐猴的相同细胞类型对DNA损伤的反应应该是相似的,这也反映了它们的深度同源性。本研究从小鼠狐猴成纤维细胞提取转录组,将细胞暴露于紫外线下进行XR-seq,然后比较狐猴和人类成纤维细胞XR-seq数据集的基因组修复分布。这项研究的结果表明,人类和灰鼠狐猴之间的全基因组紫外线修复谱具有很强的相关性。
DOI:10.1186/s12864-021-07898-3
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