为什么清朝皇帝必须掌握八旗的上三旗？
自秦汉以来，中原王朝皇位继承制度，大体上都是遵循 “立嫡以长不以贤， 立子以贵不以长”的原则，这样可以最大限度地降低在皇位交接过程中的震荡乃至灾难。
明万历十一年（1583），努尔哈赤在以父祖遗甲十三副起兵，于统一女真各部的过程中将地盘逐渐壮大。但事业到了一定规模，接班人问题开始摆上议事日程。
首先是背景复杂，不服气的人多。在当时的后金，除了长子褚英，还有“四贝勒”即努尔哈赤的四个子侄：次子代善、侄子阿敏、五子莽古尔泰、八子皇太极，个个都有军功，谁都不服气谁。另有“五大臣”费英东、额亦都、何和里、安费扬古、扈尔汉可谓元老，他们在追随努尔哈赤创业时就立下汗马功劳。“四贝勒”与“五大臣”出于共同目的，开始联合倒褚。万历四十一年（1613），他们联合控告褚英挑拨离间，使“四贝勒”、“五大臣”彼此不和，表示不能接受这样的接班人上位，希望努尔哈赤重新考虑接班人人选。
其实，“四贝勒”、“五大臣” 联合倒褚的背后是有深意的。从明万历十一年（1583）开始起兵，到万历四十四年（1616）建立后金汗国，努尔哈赤集团在攻城略地中不断增值。自然，努尔哈赤的权益早就不止十三副遗甲了，而以“四贝勒”、“五大臣”为基础的八王（指阿敏、莽古尔泰、皇太极、德格类、岳托、济尔哈朗、阿济格、多尔衮多铎八人）在部落联盟权益分配中也占有一定的支配权。虽然在名义上，后金汗国的八旗都归努尔哈赤所有，但事实上，所有权和分配权已经脱离，八王各自拥有部落联盟相应财物、人事的支配权，在所属旗内享有极高权力。由此，他们基于经济基础上的议政权也越来越大。特别是天命六年（1621）三月，后金攻占了大明的辽沈地区，八旗旗主各自领得大量土地、人口与财物，实力大增，努尔哈赤对各旗主的实际掌控力逐渐走低。这也是“四贝勒”、“五大臣” 敢于联合倒褚的深层次原因。
虽然努尔哈赤作为部落联盟最主要的元老，具有绝对权力，在包括接班人选择问题上都可以自己说了算，但努尔哈赤的汗权是建立在八旗分权的基础上的。汗权大，旗权就小；旗权扩张，汗权就受到限制。这是一个矛盾或者说悖论，也是部落联盟权力结构体系不够成熟的表现。
“四贝勒”、“五大臣”对联盟不管是当下还是未来的利益都有特殊要求的。而觉醒起来的利益诉求，使得他们在接班人问题上对努尔哈赤联手施压，威迫努尔哈赤作出处理。努尔哈赤也不得不妥协，在接下来部落联盟两次进攻乌拉的战役中，都没有派褚英出征，只令他在家留守。万历四十一年（1613年）三月二十六日，努尔哈赤下令去除褚英的接班人资格，同时幽禁在高墙之中。其实，他这样处理，世人倒还可以理解。但三年之后，褚英三十六岁，已经无望再取得接班人资格时，努尔哈赤竟下令处死他。褚英之死似乎说明——嫡长子继承制在后金水土不服，而褚英则是此种硬搬模式的牺牲品。嫡长子继承制是建立在皇权不被挑战的基础之上的，同时中原国家上下大力推行儒家文化，自觉维护此类接班模式。恰恰在后金这两点都不具备，努尔哈赤只能为自己犯下的错误埋单。或许从这个时候开始，在接班人问题上，努尔哈赤基于后金以八旗旗主为核心的高层日益壮大的现实，不得不考虑他们对利益共享的诉求，并且初步有了向汗位推选制过渡的想法。
但在汗位推选制出台之前，努尔哈赤还是心存幻想，试图以其威权或者说影响力再推新的接班人——次子代善。这代善位居四大贝勒之首，十四五岁时即被尊称为贝勒，广有军功，拥有正红、镶红二旗。在接班人的合法性上，可谓说服力强。但代善被立为接班人后，反对派的小动作还是不断，先是他被诬与继母衮 代皇后有暧昧关系。然后，被告其次子硕托、阿敏之弟斋桑古及其妹夫莫洛浑欲逃往大明帝国，政治立场有问题。天命六年（1621）九月，代善向汗父努尔哈赤哭诉称有人密告皇太极、莽古尔泰和阿济格试图害死自己一事，导致努尔哈赤无可奈何地宣布废其太子之位，以图安宁。由此，汗位推选制在长子褚英、次子代善的接班人位置相继被废后终于出台，努尔哈赤就此问题发表谈话说：“继我而为君者，毋令强梁之人为之。此等人一为国君，恐倚强自恣，获罪于天也……尔等八固山王中，有才德能受谏者，可继我之位，若不纳谏，不遵道，可更择有德者立之。”（《满洲实录》卷七），这便是汗位推选制的由来，努尔哈赤所言“尔等八固山王中，有才德能受谏者，可继我之位”说明后金未来的接班人将在八旗旗主中产生，“若不纳谏，不遵道，可更择有德者立之”说明八旗旗主在接班人问题上不仅有一次推选权，还有二次推选权，从而确立了旗主们最终的决定地位。后金强人政治到此结束，带有部落氏族色彩的民主议政制粉墨登场，它在事实上宣告了努尔哈赤此前以个人威权选择接班人模式的失败。
汗位推选制的实质是将接班人的选择权从努尔哈赤手中移交给八王。天命十一年八月十一日，努尔哈赤在距沈阳四十里的叆鸡堡因病去世。随后，诸贝勒坐下来集体讨论新汗也就是接班人的人选。在彼时，八个大小贝勒的能力显然不一。代善因为先前立嗣被废，又被削夺一旗（镶红旗），不能与皇太极叫板。阿敏属旁支（系努尔哈赤的侄子），无法争位。莽古尔泰虽是努尔哈赤第五子，却有勇无谋，战功平平，再加上有弑母恶名，也在接班人之争中败下阵来。至于四小贝勒，在当时无论军事能力还是经济实力上都无法和皇太极一较短长。所以，接班人推选的结果，皇太极尚属顺利地上位了。
但对皇太极来说，八王共治制度却成为掣肘的一大因素。皇太极上位后，只将自身掌握的正白、镶白两旗改为正黄、镶黄两旗，此外再无多旗，而其他高层领有六旗——经济基础决定上层建筑，在这样的经济基础之上，皇太极有多少发号施令的空间呢？同时，最重要的一点还在于，努尔哈赤在接班人制度设计时着眼于权力的相互牵制与制衡，汗王和旗主以及旗主和旗主之间，一切以集团稳定、不出现权力赢家为核心因素，使得汗王（接班人）动辄得咎，行政效率大大削弱。如八王共治制度规定：八旗贝勒须定期“齐集八角殿（大政殿，努尔哈赤临朝处）审事”，下级官员的任免，由上级官员“于诸贝勒集八角殿之日，乞请在案”。另外，八旗贝勒可以共同现场审案，只在结案后择其大事 报告汗王即可。后金向汉人下达命令时，“皆以八王之书颁发”，从而在制度层面上认可了八王在组织当中的最高权力。
那么，皇太极怎么办？
天聪三年（1629）正月，皇太极启动了人事改革的历程。他以“三大贝勒向因值月之故，一切机务，辄烦诸兄经理，多有未便”为由，废除了三大贝勒“值月”的制度，并宣布以后改由三大贝勒以下的诸小贝勒代行值月之事，从而削弱了三大贝勒的权力。皇太极的这个改革出发点很巧妙，表面上看是权力转移，一收一放，实际上收的是对自己可能产生威胁的三大贝勒的行政权力，放出去的三小贝勒之权却可以笼络人心。另外，他在贝勒之外设立八大臣管理国务，甚至规定可染指旗内一切事务。若国家有事的话， 八大臣与诸贝勒“偕坐共议”。这种权力和职能的重叠其实是皇太极故意为之，也是他集权的一大举措。表面上看是放权，实际上是集权，皇太极走完了人事改革的第一步。
但最重要的步子还没有迈出。皇太极接下来为三大贝勒“没事找事”，以在实际层面上解除汗王和贝勒共同接受大臣朝拜的制度，不仅为自己也为以后的接班人加强中央集权、提高汗王权威制造成例。先是二贝勒镶蓝旗旗主阿敏以“弃守永平等关内四城并屠城”之罪夺去其爵位，并幽禁高墙之内一直到死。随后，三贝勒正蓝旗旗主莽古尔泰被指责为“御前露刃”，为“大不敬”，故而削去大贝勒爵位，降为一般贝勒，并夺五牛录属员，罚银万两。“御前露刃”事件发生在天聪五年（1631），这一年十二月，已然看出端倪的代善主动建议皇太极：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非此心所安。至今以后，上南面居中坐，我与莽古尔泰侍坐于侧。”（见《东华录》，天聪五年十二月丙申）代善主动请求三大贝勒走下神坛，由此，汗位推选制下汗王“与三大贝勒俱南坐受”的 动请求三大贝勒走下神坛，由此，汗位推选制下汗王“与三大贝勒俱南坐受”的格局被废除。皇太极自天聪六年（1632）开始“南面独坐”，在后金内部于形式上首创了汗王威权独一无二的模式。
当然，政局震荡乃至于血洗也是不可避免的，这似乎是制度变革的需要。天聪六年（1632） 十二月，莽古尔泰“以暴疾卒”。随后，皇太极下令对莽古尔泰亲信所属的正蓝旗展开杀戮。在这场持续了半年左右的大屠杀中，共有一千五百多人被处死， 皇太极、豪格父子正式吞并了正蓝旗。这样一来，皇太极手下有正黄、镶黄、正蓝三旗归自己管理，清朝皇帝直接控制的“上三旗”制度从此建立起来。毫无疑问，它为提升君主威权提供了实力支持。政局在经历震荡乃至于血洗之后，重新走向稳定。
天聪十年（明崇祯九年，1636年）四月十一日，皇太极在经过长时间有计划、有预谋的组织整顿之后，仿汉制礼仪举行即皇帝位仪式，改元崇德，更定国号为“大清”。他将各旗主贝勒全部封为亲王，令其分掌六部。崇德八年（1643），皇太极规定各旗主贝勒不再掌管部务，从而在形式上最后解除了八王共治制度下对汗王权力的切割。事实上，到了这个时候，汗位推选制已经寿终正寝了。