一百多年前，山东人为何要重修华祖庵？这里面的故事很动人！
自古以来，被称为“神医”的医生，大概只有华佗一人。所以他被称作“华祖”祖师爷。而天下敬奉医生的庙宇，尤其是民间供奉的香火，也是“华佗庙”最多，最普遍。
华佗为何被称为“神医”？
一来，官方史书中记载他出神入化的医案最多，有十七条之多，而扁鹊仅有数条。而且华佗被曹操所杀，又赢得天下百姓同情，威望无疑水涨船高；
二来，他在民间经常“显露真身”，历代都有他化形为世人诊病的神话传说，再加上古代医学不够发达，人类对抗疾病的能力很低，也在心理上期待与依赖有“神医”下凡拯救黎民。这样一来，包括“医圣”张仲景，在民间的影响也远远不及华佗了。
亳州现在的华祖庵，最早是叫“华佗庙”，据说是山东曹州一带信众捐款扩建的。
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传说康熙年间，山东曹州一带，方圆几百里发生了“大家瘟”，传染很快，早上染病，次日中午吐出几口黄水，就一命呜呼了。曹州县城里，每天都往外抬几百具死尸。官府上报朝廷，朝廷派出太医院太医赶赴曹州救灾。不想，太医也染病，命悬一线。老百姓哭天天不应，叫地地不灵，只有每天早上穿好“送老”的衣裳，等着死亡来临。
这一天，曹家村的曹老善人也染了病，已经吐了一口黄水，眼看救不活了。曹善人平时怜贫惜苦，做了一辈子善事，很有人缘。临到他要死了，全村人也不怕传染，都来送终，在曹善人弥留之际，只见一个穿青布长衫的老者，分开众人，走进人群之中，拔开悬在腰间的葫芦，倒出一丸药来，左手一点曹善人的颌下“人迎”之穴，病者嘴唇自然张开，把药放进曹善人口中，叫人灌几口清水下去。一盏茶时辰，曹善人打个喷嚏，醒了过来。
众人才明白过来，这青衫老者是个“郎中”。众人齐声致谢，纷纷询问郎中姓名。老者说：“我姓华，家住亳州。曹善人，你祖上与我有缘。我给你一个药方，你是善人，平生爱做善事，这事情你来做最妥当。你照方抓药，三斤一包，每包泡一大缸水，够一村人每人每日一碗，连饮三天，瘟疾即消。请你大量购药，每村发放，救人活命，无量功德，胜过修塔铺路。”说罢，飘然远去。
等众人回过意来想去挽留时，那老者早已不见了踪影。
曹善人大散家财，大量照方抓药，派人骑马驰送方圆村庄，并送信给官府，报告缘由。
在大家的共同努力下，一场大瘟疫被扑灭了，许多人活了下来。
灾后，曹善人与众人回想起亳州姓华恩公救命活人的大德，亲自带了族人，拉着几十车礼品，到亳州酬谢恩人。
可是，曹善人访遍了亳州城的大小药店，就是没有姓华的郎中。照他的形容，全城人都说没有一个这样的人，曹善人很纳闷。
一天，他无意中走进城隍庙南边的一座小庙，迎门一尊神像，让曹善人又惊又喜：这尊神像腰悬葫芦，和自称姓华的郎中一模一样！一看庙额：华佗庙。这才恍然大悟，原来是华祖显灵，救了曹州百姓一场灾难。要不是“神医”，谁能有这么大本事！
曹善人恭恭敬敬磕了几个头，一看，庙宇太小，陈设简陋，当即捐款买地，重新扩建华祖庙，添设了东西偏殿、药圃、亭榭等，并奉上一笔香火之资。自此，亳州华佗庙香火更胜从前。
到了清末，华佗庙为尼姑住持，按照俗规，男庙女庵，就改称“华祖庵”了。直到前几年，最后一个尼姑还住在东偏院呢。