非肿瘤纯GEO数据挖掘好发爆
1、在GEO数据库找到相关的数据集,然后下载下来
2、做差异分析,得到差异基因(热图、火山图可有可无,这篇文章就没有)
3、对多个数据集的差异基因取交集,如下图
4、对差异基因做GO富集分析
5、对差异基因做pathway富集分析
6、PPI分析
这篇文章题目:Identification of differentially expressed genes in synovial tissue of rheumatoid arthritis and osteoarthritis in patients
(DOI: 10.1002/jcb.27741)
其实,不用编程完全可以完成上面的分析,这样的文章说夸张点一顿饭的时间就搞定了。
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