SCI TOTAL ENVIRON | 中国农业大学：堆肥中的细菌多样性：核心微生物组和潜在致病菌的流行（国人作品）

推荐：江舜尧

编译：I AM SPRING

编辑：小菌菌

中国农业大学丁国春，李季等人于2020年2月12日在期刊Science of the total environment发表题目为《Insights into bacterial diversity in compost: Core microbiome and prevalence of potential pathogenic bacteria》的文章，该研究为揭示堆肥中的细菌多样性:核心微生物组和潜在致病菌的流行提供了重要参考价值。

文章摘要

中国农业和农村事务部的化肥置换计划是保护环境和可持续农业的非凡举措。进行了国家层面的调查，以获取堆肥的生物物理化学特性的共识。通过细菌16SrRNA基因扩增子的高通量测序分析了来自中国16个省的116份堆肥样品。家禽粪便堆肥中的细菌α多样性较低。
这项大规模调查显示，不同堆肥中的细菌群落是不同的，并且可以通过pH，水分和总氮进行了略微的解释，但是却没有通过原料或堆肥过程所解释。26个OTUs属于厚壁菌门(Cerasibacillus, Atopostipes and Bacillus)和放线菌门(Thermobifida, Actinomadura and Nocardiopsis)并存在于大部分（＞90％）堆肥中，这些细菌中的大多数可能与有机物质的生物降解有关。
令人惊讶的是，研究检测到629种潜在的人或动物细菌病原体，平均占总16SrRNA基因的1.21％，而细菌主要与幽门螺杆菌，葡萄球菌，不动杆菌，链球菌，分枝杆菌和肠球菌有关。总而言之，这项研究为堆肥中核心微生物组和潜在病原体的多样性和丰度提供了基准数据。
 

文中重要图片说明

图1 |本研究中堆肥工厂的位置。

图2 |不同物理化学性质之间的关系（a）;与原材料的关系（b）; 注:TN:总氮，TOM:总有机质，GI:发芽指数。

图3 |不同工艺或不同原料制得的堆肥优势种相对丰度。

表1 |全国调查堆肥的物理和肥力参数范围（n=116）。

图4 | alpha- 和 beta-多样性与堆肥过程、原料或物理化学性质的关系。

图5 |不同过程或不同材料的核心微生物热图分析。

图6 |不同工艺或不同原料堆肥中潜在人类或动物病原体的相对丰度(a)和不同堆肥工艺中潜在病原体的相对丰度的箱线图分析（b）。

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