办理土地证后缴纳的人防费、城市基础配套费、前期费用征收契税问题

‌咨询内容：
某公司通过竞价方式于2010年5月20日取得国有土地一宗，2010年12月8日缴纳土地出让金，同时到契税征收机关（财政部门）申报缴纳了契税，2011年5月10日办理了土地使用证，2011年5月20日，该公司按相关部门要求，缴纳了人防费172万元、城市基础配套费191万元，2010年7月至2011年5月6日，缴纳了土地前期费用480万元.2012年7月1日契税由地税机关征收，请问，2013年7月，地税稽查部门发现该公司在办理取得土地证后缴纳的人防费172万元、城市基础配套费191万元、前期费用480万元，未申报缴纳契税，是否要追缴契税入库？
回复内容：
《安徽省地方税务局关于建设项目大配套费计征契税问题的批复》（皖地税函〔2012〕306号）规定：“根据财政部 国家税务总局《关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）文件规定，建设单位和个人缴纳的建设项目大配套费即城市建设基础设施配套费、白蚁预防工程费、新型墙体材料专项基金和人防工程易地建设费等，应该列入计税依据，照章征收契税。”《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让起始计税依据的批复》(国税函[2009]603号)文件规定：对通过“招、拍、挂”程序承受国有土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。根据上述规定，该公司缴纳的人防费172万元、城市基础配套费191万元，前期费用480万元，应按规定补缴契税。 部门：耕契处 答复时间：2013-08-13 10:38

配套费是否作为契税计税依据或计算基础
1.城市市政公用基础设施配套费（以下简称配套费）是指为城市道路、桥梁等城市市政公用基础设施配套建设而筹集的地方财政性资金。
2.国务院办公厅关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知国办发〔2006〕100号中规定：从2007年1月 pan>1日起，土地出让收支全额纳入地方基金预算管理。收入全部缴入地方国库，支出一律通过地方基金预算从土地出让收入中予以安排，实行彻底的“收支两条线”。在地方国库中设立专账，专门核算土地出让收入和支出情况。
分析：
这里要分两种情况：一是土地竞拍出让时，国土部门在测算土地价格时就将配套费测算进土地出让价格中，土地出让合同价即为土地出让的全部收益；另一种是土地出让时，将土地出让价格拆分成土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等分别收取，一般是以协议转让的方式，主要是在安置房、保障房、公共建设等项目会有，市场上更多的是竞拍方式。土地出让收益由财政部门负责管理，国土部门征收。取得土地使用权的约定，只能是体现在一个协议或合同中，其他部门以通知单等名义收取配套费是取得土地使用权行为的另外一种政府收费行为。
3.有些税务机关误读文件规定：
财税【2004】第134号中，（二）以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。
分析：税务机关认为，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。但此规定当初主要是指有的地方出让价含配套费，或将出让价拆分成土地出让金、配套费等行为。假设开发企业竞拍净地，取得土地后不开发，由于不办规划等证件，则市政建设配套费不用交，然后再原价转让土地，受让方此时的土地契税肯定是不含市政建设配套费。
另外需要说明的是在土地出让是毛地时（现在竞拍都是净地），需要企业另支付土地拆迁补偿，等拆迁完成后才能办理土地过户手续时，这说明在未拆迁完成办好过户手续前，土地使用权并未真正在企业名下，企业并未真正取得土地使用权，此支付的土地拆迁补偿理应含在契税计税依据内。
4.国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复国税函[2009]603号规定：契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。对通过“招、拍、挂”程序承受国有 土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税。
另根据契税条例规定，国有土地使用权的出让、土地使用权出售、房屋买卖，应以成交价格作为契税的计税依据。契税条例细则第九条规定，条例所称成交价格，是指土地、房屋权属转移合同确定的价格。不应片面理解税收规定，一刀切地将市政配套建设费纳入契税计税依据过于牵强。从法律的效力层次来讲，条例细则的效力要大于文件规定，文件只应在细则范围内进行规定。
分析：取得土地使用权的标志即为签订土地出让合同办好土地证（有时土地证会滞后，但事实占用也算标志已取得土地使用权），在此阶段，与土地相关的全部经济利益只能是土地出让合同价格，不可能是取得土地证后在办理规划证或施工许可证时再收取的配套费，不能误读财税【2004】第134号。
办理规划证或施工许可证时再收取的配套费在会计核算上应列在“开发成本--前期费用—规费”科目，而不应在“开发成本--土地费用”科目下核算。将出让价拆分成土地出让金、配套费等行为的，配套费在“开发成本--土地费用”科目下核算
浙江2012年前对以出让方式取得土地使用权的建设项目，不得收取城市市政基础设施配套费（浙价费[2008]295号）。从2012年又恢复，以出让方式取得土地使用权的建设项目参照浙价房[1997]209号中规定的非出让方式取得土地使用权的征收范围和缴纳标准执行（浙财综[2012]4号）。这里通过规划或建设部门收取的配套费应作为规费处理。
江苏部分城市通过规划或建设部门收取的配套费也应作为规费处理。
另根据财税〔2012〕82号第四条，企业承受土地使用权用于房地产开发，并在该土地上代政府建设保障性住房的，计税价格为取得全部土地使用权的成交价格。
这一条规定虽然针对的是企业取得土地使用权且用于代建保障房建设的，要求将只要是取得土地使用权用于开发建设的，不管是代建还是自建，都必须按取得全部土地使用权的成交价格计算契税。企业招拍挂也是取得土地使用权，那计税价格也应是取得全部土地使用权的成交价格，取得全部土地使用权，一般就是以办理好土地使用权证为主要标志，而现在招拍挂土地办理土地使用权证，一般也就是依据土地出让合同，不存在办理土地使用权时要先缴纳配套费。