Nextflow 快速搭建生信分析流程（三）- 实例讲解

在前面的两节内容中我们介绍了Nextflow的安装和流程监控平台Nextflow Tower, 大家如果对软件安装还有疑问可以查阅平台中前面两节的内容。这里我们以nextflow的一个具体运行脚本来进行讲解，脚本代码如下（可以将代码保存到文件example.nf中）：

#!/usr/bin/env nextflow

nextflow.enable.dsl=2

process foo {

output:

path 'foo.txt'

script:

"""

      echo 'Hello World’ > foo.txt

      """

}

process bar {

input:

path x

output:

path 'bar.txt'

script:

"""

      cat$x > bar.txt

      """

}

workflow {

data = foo()

bar(data)

}

代码讲解：

nextflow.enable.dsl=2 表示我们将使用DSL的扩展版本2，最早开发版本为DSL 1，DSL 2在语法上更为简洁，推荐小伙伴们使用DSL 2，估计DSL 1 后面也不会更新了。

代码中process表示定义流程，在上面的代码中我们定义了两个流程：

第一个流程foo是将'HelloWorld’字符串输出到一个名称为 foo.txt的文件中，nextflow中的process可以理解为'函数’，process中包含输入和输出，输入在input中加入要使用的参数，output为输出的参数或文件；

第二个流程bar会读入一个文件，并将文件中的内容输出到'bar.txt’中；

Workflow中定义流程该如何执行，你可能会在脚本中写入N多个不同的process，但是只有在workflow中调用的process才会被执行，本例中我们是执行了foo和bar两个process。

data = foo() 表示data会接收foo() 这个process的output，并将输出传递给bar() 这个process。

程序执行，输入下面的命令：

   nextflow   run   example.nf       

运行完成后，会在程序所在的执行目录中生成一个work目录，并且会存在两个文件夹，文件夹中就保存了程序执行过程中生成的foo.txt和bar.txt文件。