R绘图:无与伦比的华丽风行(桑基图)

首先看到这个名字,有没有勾起你的某些回忆呢?

R绘图我们已经出过几期

R绘图 ggpubr: 为学术而生

R绘图 ggsci: 高大上的论文配色,一文解决配色问题

R绘图:相关性分析与作图

R绘图:相关性分析与作图(单基因相关性)

TCGA数据分析系列之火山图

R语言学习系列之“多变的热图”

今天我们来了解一下桑基图

桑基图(Sankey diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。

如下图

那么桑基图在我们科研中有什么用处呢?目前我见过的最常见的两个用处,一个是展示某分组,与肿瘤分期,患者生存状态,另一种就是展示ceRNA网络中的lncRNA-miRNA-mRNA的关系,今天我们来简单实现一下,大家只要套用数据就可以画出自己的桑基图了。

安装加载包

install.packages("ggalluvial")library(ggalluvial)

载入数据

我们用的是自带的数据,来表示泰坦尼克号上乘客多维分类数据

titanic_wide <- data.frame(Titanic)head(titanic_wide)

画图

ggplot(data = titanic_wide, aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age, y = Freq)) + scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) + xlab("Demographic") + geom_alluvium(aes(fill = Survived)) + geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) + theme_minimal() + ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic", "stratified by demographics and survival")

出图就是这么简单,快赶紧用自己的数据试一下吧

下面是福利专用贴,目前公众号所有的福利都在里面

福利专用贴

目前有

1. 火山图,热图示例文件及完整代码

2. R语言学习基础知识代码

3. R语言实战(中文完整版)

4. R数据科学(中文完整版)

5. ggplot2:数据分析与图形艺术

6. 30分钟学会ggplot2

7. TCGA数据整理

8. ggplot2速查表pdf(可复制)

万水千山总是情,点个在看行不行,哈哈哈哈哈哈哈。

(0)

相关推荐

  • R语言社区检测算法可视化网络图:ggplot2绘制igraph对象分析物种相对丰度

    原文链接:http://tecdat.cn/?p=23836 我们使用R中的igraph包,产生了网络的图形. 但是很难将这些图表放到演讲和文章中,因为图表很难根据需要定制.使用igraph中的绘图功 ...

  • ggplot版钢铁侠

    我们用ggplot画一个钢铁侠吧: 注意文件名为英文:图形格式为jpg. # Packages (for the entire project) library(imager) # image loa ...

  • R ggplot和ggsignif箱线图添加显著性差异标识

    22019.03.07 11:33:11 具有显著性标注的箱线图 有时候我们会看到如上图片,觉得挺好,但是如何实现呢?没有做的的时候,觉得挺难,但是真要做才发现没有那么困难? 其实做这样的图,目前R比 ...

  • NMDS分析

    " No one knows everything, and you don't have to."   --free傻孩子 "R数据分析"专题·第15篇   ...

  • 绘制单组和多组柱状图

    " No one knows everything, and you don't have to."   --free傻孩子 "R数据分析"专题·第6篇   编 ...

  • 课后笔记:ggplot2优雅的显示WB结果

    我们担心学员没那么快hold住R语言可视化高级技巧,所以介绍了两个小白神包: 新手绘图一站式R包ggstatsplot 新手绘图一站式R包之ggpubr 但是学生的表现实在是太超出我意料了,能超脱于现 ...

  • 无与伦比的华丽风行(桑基图)

    桑基图(Sankey diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图.它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源.材料成分.金融等数据的可视化分析. 如下 ...

  • R语言可视化:ggplot2冲积/桑基图sankey分析大学录取情况、泰坦尼克幸存者数据

    原文链接:http://tecdat.cn/?p=23490 本文介绍了冲积/桑基图,以及 定义了命名方案和冲积/桑基图的基本组成部分(轴.冲积层.流). 描述了所识别的冲积/桑基图数据结构. 展示了 ...

  • 如何利用pyecharts绘制酷炫的桑基图?

    什么是桑基图 桑基图(Sankey diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图.它是一种特定类型的流程图,核心在于展示数据的流转,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源.材 ...

  • NBA东部球队排名使用桑基图,感受下东部...

    NBA东部球队排名 使用桑基图,感受下东部球队的一马平川.波澜不惊.季后赛球队基本还是季后赛球队,状元球队还在努力争状元.

  • NBA狂野西部,用桑基图连接各支球队,一...

    NBA狂野西部,用桑基图连接各支球队,一起来感受下.

  • 使用Power BI制作漂亮的桑基图

    可能有些人并不知道什么是桑基图,让我们先看一下它长什么样?这是经济学人文章中的一张配图: 你没有见过也正常,这算是一个比较小众的图表. 它通常应用于具有流向关系的数据可视化分析,数据从左边的项目流向右 ...

  • R绘图笔记 | 直方图和核密度估计图的绘制

    前面,介绍过散点图绘制,也介绍了柱状图的绘制.本文介绍直方图和核密度估计图的绘制. 1.直方图 直方图是数值数据分布的精确图形表示.这是一个连续变量(定量变量)的概率分布的估计,并且被卡尔·皮尔逊(K ...

  • 展示细胞比例变化之桑基图

    我在CNS图表复现09-上皮细胞可以区分为恶性与否提到了一个很有意思的现象,就是把上皮细胞分群后,可以看到有一些亚群是具有病人特异性,但是也有不少亚群是跨越了病人存在的. 当时我展现这一现象使用的可视 ...

  • 桑基图在单细胞数据探索中的应用

    男, 一个长大了才会遇到的帅哥, 稳健,潇洒,大方,靠谱. 一段生信缘,一棵技能树, 一枚大型测序工厂的螺丝钉, 一个随机森林中提灯觅食的津门旅客. 什么是桑基图 桑基图(Sankey diagram ...