使用TBtools重新绘制MEME motif图
什么时候用MEME，用的是什么功能？
做基因家族分析或者其他一些需要同时展示一个序列集合的保守序列区域（motif或者pattern的时候），最常用的工具，应该是MEME suite....
使用MEME suite的时候，用户需要提供一个fasta格式的文件，文件中包含多个序列（蛋白或者核酸）。提交任务后，MEME suite会运行两个部件，
首先是耗时的meme，这个组件主要功能是，基于用户输入多个序列，分析文本并获得可能在保守motif
随后运行的的快速的mast，这个组件主要功能是，基于meme挖掘到的motif或者用户提供的motif，扫描用户提交的序列文件，输出扫描结果
前者重在新motif挖掘，序列->motif，敏感。
后者重在motif存在确定，motif->domain，全面。
TBtools为什么要加这个插件
以拟南芥的ARF转录因子家族为例，首先是下载序列，总共是37个成员
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/family.php?sp=Ath&fam=ARF
随后是提交到MEME运行
为了展示这个新功能的能力，这里设置挖掘的motif 20个...其实一般不会有这么多，提交后，网站大概运行10min(这个步骤也可以直接用本地版的meme运行)
随后可以看到结果文件
其中生成的两个xml文件，直接右键下载，或者复制文本信息，自己制备一个文件即可作为TBtools MEME motif pattern redrawer的输入文件....
我个人是倾向于使用 mast.xml 因为全面一些，当然 meme.xml 也是没问题的。
MEME输出，清晰，方便查看，意义丰富。但是对于大部分用户来说，非常麻烦，因为，没有矢量图输出！！！解决这个问题的办法有几个：
找个好屏幕，截图，然后拼图，尽量提高dpi
直接截图，使用AI或者coredraw等软件，或者inkscape，直接转换位图为矢量图...但是转换结果往往很大
自己重新描图。。。这是一个惨烈的过程
作为一个目前（2017年04月09日）每分钟至少是3块钱的人，我，或者我们自然不能浪费这种时间
所以，就写了TBtools的新功能
输出的图片，无论是配色、风格，都是超过MEME默认图片。
此外，更重要的是，支持输出jpg/png/PDF！！！/SVG！！！。重大利好！
一般来说，我们还是要和进化树拼在一起的。。。虽然目前，可以实现贴树进去，代码都写好啦，也可以实现各种其他，点击响应或者各种需求，然而。。。我觉得我现在的时间，很明显，已然不是不是180RMB one hour 而是 $180 one hour....懒得写
但是帮忙开发TBtools的朋友们的基本需求，还是必须满足，上面标明了，需要有一个功能，就是
按照用户输入列表，指定顺序 地 显示 指定序列
结果图片，我就不POST了.....
扫码进入，纯粹的生物信息技术交流群，....长期整的加，短期的不要加，无自学能力的不要加，没自我控制能力的，绝对不要加....