无限个！物种共线性分析结果可视化
无限个！物种共线性分析结果可视化
MCscan是相对广泛使用的基因组共线性分析软件。其输出了非常丰富的结果，可以用于推断基因组复制时间，分析基因家族扩展等。
先放一张能看的图
支持无限个物种同时展示（前提是如果看得清的话，内存似乎不是问题）。基于给定的不同物种中的几个基因的ID列表，TBtools会对基因坐标和共线性分析结果进行分析整合，并且仅展示感兴趣的基因所在的共线性区段。（PS，全基因的可视化，前面已经分享过了，那个只能看或者用来出论文发表的图片，并不适合精细分析）。
但是，MCscan得到的结果往往是文本的，更或者有文字版本，不方便进行细致分析。虽然，我们可以通过优秀的网页工具PGDD查看其中存放的物种的共线性结果，然而如果我们自己的基因组，那么就可能需要写邮件以及等待。当然，目前也有不少工具可以支持共线性结果可视化。但是，一方面，常常无法满足课题分析的需要，另一方面，使用起来很不方便。明显不是我这类湿实验出身的生物学生喜欢的类型。学习成本太高，不如自己写一个！
于是实现了功能，又花了大半个小时打了一个GUI，我们终于在春节过后，有限制地放出了新的TBtools功能
如何使用
其实，TBtools本来就是写给与我一样希望在分析上节省时间，投身于无尽的湿实验的朋友的，那么使用必然是简单到难以置信！
输入三个信息：
感兴趣的基因ID列表，其实就是用于锚定的基因，因为我们关注这些基因
需要展示的物种的gff3或者gtf文件，两种均可，接受混搭
MCscan输出的共线性结果
OK，没有错！ 这个功能本来是要来干课题的，结果很不理想！所以，写这个推送的唯一目的是，卖软件的更新。最新的TBtools版本是我刚刚编译好的TBtools_v0.57，只有这个版本才有上述功能。估计在近期（可能大半年），需要这个版本的朋友，有两种途径（注意，这个功能目前不能保存图片，因为JIGplot可能需要完善）：
第一种. 入坑，扫描二维码，到生信札记里面，给我留邮箱，或者我会开个贴。
第二种. 参考第一种
最后贴一个图：
其他广告还是要的
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