基于扩增子数据的宏观生态学研究

仅仅基于扩增子序列数据分析就能够发Nature Microbiology，该杂志2016年1月创刊，微生物研究领域顶尖期刊之一，最新SCI影响因子达14.174，Nature出品必是精品。

整合全球土壤的各个研究检测细菌群落中的宏观生态模式

Detecting macroecological patterns in bacterial communities across independent studies of global soils

作者：Kelly S. Ramirez1, Christopher G. Knight, et al.

时间：2017.11

期刊：Nature Microbiology

IF：14.174

一、摘 要

高通量DNA测序技术的出现，为进一步揭示细菌生物多样性及其在全球范围内从人类健康到生态系统功能的作用提供了前所未有的机会。然而，尽管已有大量的测序研究，但是结合来自多个研究的数据来解决细菌多样性的宏观生态学问题仍具挑战，并且存在偏差。在此，使用机器学习方法（可以解释研究之间的差异和分类群之间复杂的相互作用），作者合并了30个独立的细菌数据集，涉及来自21个国家的1998个土壤样本。

之前的meta分析工作主要集中在细菌多样性测量或主要分类群的丰度上，但本研究表明将不同的扩增子序列数据，基于分类学的水平进行整合，来评估细菌群落结构。结果发现，稀有物种对于塑造土壤群落比丰富种更重要，而且这些较为稀有的物种能比环境因素更好地预测群落结构。进而得出结论：来自多个独立研究的结合数据可用于探索细菌群落动态，找出在构建群落中具有重要作用的潜在“指示”类群，并提出过去曾被忽视的塑造细菌生物地理因素的假设。

二、主 要 结 果

1.各个独立研究的分布地点

2. 除了一些技术原因之外，还是有一些细菌的种类对于区分不同的群落组成和不同的研究具有重要作用的。

3. 区分不同的群落，稀有物种更重要。

4. 不同分类单位下重要的细菌类群

5. 细菌物种在区分群落时的重要性跟其在样品中出现的次数有关