没有什么基因芯片的探针是不能注释的

最近收到读者求助，说他感兴趣的表达量芯片数据集用到的的芯片是：[HT_HG-U133_Plus_PM] Affymetrix HT HG-U133+ PM Array Plate ，看起来跟我们授课的 hg133plus2比较类似。

但是很明显，看主页信息，一点都不简单 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL13158

芯片页面介绍

本来呢，我是准备直接回复读者这个 GB_ACCGenBank Accession Number 就是信息所在，但是下载那个约60M的文件 GPL13158-5065.txt ，然后读入R里面，发现其实这个数据集本来就有gene symbol信息了。

Gene Title Title of Gene represented by the probe set.
Gene Symbol A gene symbol, when one is available (from UniGene).
ENTREZ_GENE_ID Entrez Gene Database UID

真的是 超级简单了！

a=read.table('GPL13158-5065.txt',header = T,sep = '\t',fill=T, quote = '')
head(a$Gene.Symbol)
#   "DDR1"      "RFC2"      "NM_002155" "PAX8"      "GUCA1A"    "UBA7"    

可以看到有一些探针对应不到合适的Gene Symbol，仍然是GB_ACC的refseq的ID，不过应该是没有大问题。

如果要把基因区分成为编码与非编码

有一个包（annoprobe）需要安装，安装annoprobe的代码超级简单：

library(remotes)
# https://git-scm.com/downloads 
# 居然有些人电脑里面没有git软件，可怕!!!
url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git'
install_git(url)

安装annoprobe的时候不要更新如何其它R包哈 ，但是我看有学生反馈，安装的时候提示他的电脑缺乏git软件，我就很纳闷了，一个搞生物信息学数据分析的电脑里面，怎么可能没有git软件呢？就算是没有，马上去下载git安装也可以啊！！！

也可以自行前往下载gtf文件或者其它方法获取基因的相关信息。

然后简单代码转换即可：

a=read.table('GPL13158-5065.txt',header = T,sep = '\t',fill=T, quote = '')
head(a$Gene.Symbol)
length(unique(a$Gene.Symbol))
library(AnnoProbe)
tmp=annoGene(unique(a$Gene.Symbol),'SYMBOL','human')
tail(sort(table(tmp$biotypes)))

但是有一个警告：

> library(AnnoProbe)
> tmp=annoGene(a$Gene.Symbol,'SYMBOL','human')
Warning message:
In annoGene(a$Gene.Symbol, "SYMBOL", "human") :
  37.77% of input IDs are fail to annotate... 
> tail(sort(table(tmp$biotypes))) 
                    protein_coding 
                             15509 
> length(unique(a$Gene.Symbol))
[1] 20742

我看了看，本来是54732行 的文件，但是一般来说多个探针会对应同一个基因，所以基因数量仍然是2万多个，但是转换的失败率有点高，所以这样的方法仅仅是针对基因名字比较合规的进行了注释。

其实可以直接把所有的 protein_coding 删除，剩下的慢慢看。

pd=tmp[tmp$biotypes =='protein_coding',1]
non=a[!a$Gene.Symbol %in% pd,]

蛮有意思的：

得到的结果如下：

 

可以看到，这2万多个探针里面，还有四千多个可能是是蛋白编码基因，根据gtf文件是无法成功转换的，因为他们的基因名字都过时了。比较幸运的是，还剩下基因的entrez ID，可以试试看。

library(org.Hs.eg.db)
tmp=AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys = non$ENTREZ_GENE_ID,keytype = 'ENTREZID',columns = c('SYMBOL','ENTREZID'))
tmp=na.omit(tmp)
non=merge(non,tmp,by.x='ENTREZ_GENE_ID',by.y='ENTREZID')
tmp=annoGene(unique( non$SYMBOL ),'SYMBOL','human')
tail(sort(table(tmp$biotypes)))

这样的两个步骤可以查找到一千多个非编码基因。

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