快速在终端计算和可视化序列的覆盖范围

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安装

git clone --recurse-submodules https://github.com/fbreitwieser/bamcov
cd bamcov
make
make test

确保使用--recurse-submodules克隆存储库以获取htslib，否则必须在克隆的存储库中键入git submodule update --init --recursive。

用法

1. 使用标题显示表格输出（默认）：

./bamcov -H test.bam

2. 显示直方图输出：

./bamcov -m test.bam

3. 显示特定区域（需要BAM索引）：

./bamcov -mr NW_002477246.1:1000-200000 test.bam

4. 使用全窗口宽度来进行直方图：

./bamcov -w0 -mr NW_002477246.1:100 test.bam

注：

1. 对于直方图y轴而不是20的80步的高分辨率模式，使用标志-mU。

2. 要查看您的终端/字体是否支持它，请使用./bamcov -v进行检查。

3. 如果输出在没有空块的情况下看起来很好，那就最好使用-U标志。

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参考文章

此工具基于[htslib]（https://github.com/samtools/htslib），

可以集成在[samtools]（https://github.com/samtools/samtools）中

（[PR＃992]（https：//github.com/samtools/samtools/pull/992））。

这个独立版本将实现新功能，并将自行维护。

作者：Florian Breitwieser，基于Heng Li和samtools贡献者的“samtools depth”代码。