数据库必知必会
咦,你说的数据库到底是啥呀?
常用的NCBI、UCSC,ENSEMBL, DDBJ、EBI数据库,然后就是其他实验室构建发表的特殊生物数据库,就是把实验室特有的和收集部分公共数据库里的数据进行挖掘整理,用一个网页可视化展示出来,用户可以查询、完成部分在线分享。
有个杂志叫做DATABASE,就是发这些数据库的地方,当然《Nucleic Acids Research》上面也会有特殊的数据库文章发表。
但是如果跟学IT的人说我要建个数据库,你帮我做下。
他的理解可能就是用mysql来建个数据库里面包含几个表呀。之前碰到过kobas是用sqlite存储数据的,然后比较基因组学中要用到的OrthoMCL涉及了MySQL,要自己构建数据库在里面建表。
其实严格意思是那些我们耳熟能详的数据库:NCBI、UCSC, ENSEMBL, DDBJ、EBI数据库,应该是称作为使用了数据库这个技术的数据资源中心!
为了方便那些不熟练编程的朋友使用数据库中心,通常会加上了数据可视化、数据查询、数据分析、数据下载等附加功能,但数据存放都是基于数据库技术的
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