定量检测是什么
之前文章简要的说明了qPCR原理,本文介绍qPCR应用方面之一:探针法定性检测。
这个副标题好像与主标题不太一致。既然是荧光定量当然要做定量分析,为什么还要用在定性分析上?这个问题就涉及到qPCR最主要的特点:不开盖就可以对产品的有无、拷贝数等进行分析。避免了普通PCR需要开盖对产物进行分析,这样就减少了开盖导致的PCR产物污染。
探针法定性分析主要有两类探针:1.Taqman探针;2.MGB探针。这两个探针各有特点,在前文已经介绍过了,本文就不在赘述。我们就举一个例子说明探针法的定性检测。
2019年底的新冠爆发,国内很多公司研发了新冠核酸检测试剂盒,国外也公布了很多新冠检测引物探针和操作程序。
为什么生病:从新冠核酸检测到PCR引物探针设计1zhuanlan.zhihu.com
试剂盒包括了扩增反应液、酶混合液、新冠反应液、阳性对照、空白对照。这里面扩增反应液可能是指PCR buffer,新冠反应液可能是指引物探针。具体不详,如何设置的可能厂家人员才会知道。当然这个不是关键,我们主要分析qPCR当中的质量控制。
上述试剂盒分别有阳性对照和空白对照。这两个都属于外对照,也就是说在进行PCR反应时,需要另外两个反应对阳性对照和阴性对照进行检测,用于检测整个PCR反应程序。
如果阳性对照不起线,呈阴性;样本正常起线,空白对照正常阴性。那可能是阳性对照配置出现问题。
如果阳性对照不起线,呈阴性;样本也不起线,空白对照正常阴性。那可能是反应程序有问题、试剂有问题、加样有问题、阳性对照配置出现问题(样本可能是阴性)等。
如果阳性对照和样本正常起线阳性,空白对照起线。可能实验室存在污染,样本检测结果可能是假阳性。
如果阳性对照正常起线,空白对照正常阴性;样本起线那就判断阳性,不起线就判断阴性。这个判断是正确的吗?
从上面的这些结果分析来看。本试剂盒缺少一个对照,那就是内对照。
所谓内对照就是样本检测时,不管样本阴阳性,内对照必须阳性起线。内对照的作用就是检测反应过程是否出现问题。
也就是说如果单纯只有外对照,而没有内对照。样本检测阴性是不敢肯定是阴性的。因为这个阴性有可能是样本质量较差导致的;也有可能是样本浓度过低导致的;也有可能是样本中存在干扰物质导致的;也有可能是根本就没有加样导致的等等个方面的原因。
综上所述,qPCR进行样本检测时,必须要设置内对照、外对照(阳性和阴性对照);两者缺少一个对结果的解释都存在一定的不完美。