不研究肿瘤,就用不了TCGA的测序数据库,那要用啥……

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA

(当然GEO上也有部分的测序数据)。但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据,

其实可以看点别的,比如上EMBL-EBI:

夜明 佐藤康夫 - 陰陽師

也就是欧洲生信研究所

,他们有一个基于测序的表达数据库:

差不多是这样,虽然数据不算特别多,

但也涵盖了多个物种.主要功能三种,第一个是分析基础表达,第二个是分析差异表达,第三个是基因的聚类分析。基础表达的话,只要输入个你想要分析的基因就行了

,比如P53:

这里不光有人的,甚至还有狒狒的,老鼠的,

等等其他动物的P53表达情况……

差异表达分析的话,

是对这个基因所在的研究进行分组分析,然后获得表达差异,分组时按照每个测序实验的自带分组进行的,都会在结果中显示出来。

当你看到有你感兴趣的研究后,就能直接点击进去

,看具体的研究数据了……

不光是简单地显示差异表达的基因,

还能进行不同分组的聚类分析……

看看能获得什么样的GO term

,或者Pathway等等:

另一种的基因的富集,

找出同时有差异表达的基因的测序实验的聚类:

比如搜了一堆拟南芥的基因

……就得到了一堆拟南芥测序数据:

(0)

相关推荐

  • 可能是最出名的TCGA表达相关数据库介绍(一)

    有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能.所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧. 有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA ...

  • 一个基因可以在不同癌症分别发挥抑癌和促癌作用

    看到了一个综述,标题是 :<ID4 controls luminal lineage commitment in normal mammary epithelium and inhibits B ...

  • 文献实操 | 基于TCGA数据库免疫基因表达谱构建免疫亚组

    启帆 精读 ZKQF 2018年宫颈癌占所有癌症相关死亡病例的3.3%.在20-39岁年龄组,宫颈癌是女性因癌症死亡的第2大原因.80%-90%的宫颈癌为鳞状细胞癌,宫颈鳞状细胞癌主要治疗方法为手术. ...

  • TCGA、ICGC、GTEx 数据库都是啥?

     我们在进行数据库介绍,尤其是肿瘤相关数据库的时候,经常会提到说这个使用了 TCGA/GTEx 数据库的数据,那么这两个数据库到底是什么呢?为什么会有用这两个数据库呢?另外呢,由于最近ICGC提的也比 ...

  • 老瓶新装:TCGA+GEO分子分型发5+分

    Heterogeneity of MSI-H gastric cancer identifies a subtype with worse survival通过MSI-H胃癌的异质性识别生存期较差的亚 ...

  • 肿瘤miRNA靶点预测数据库

    miRNA作为ncRNA的一类.其主要发挥功能的主要方式是通过和基因形成双向互补链进而来影响基因的表达.因此通过miRNA和基因序列是否互补就可以遇到miRNA可能的靶基因了.这个基本上就是经典的预测 ...

  • 这3个lncRNA组成的食管癌诊断分类器在tcga数据库能否复现

    最近看到某公司宣传他们的产品,是lncRNA的芯片,文章是2015发表的,研究思路很清晰: 119个食管癌病人的肿瘤组织和配对样品的lncRNA芯片数据,在GSE53624 芯片平台比较老旧了,是Ag ...

  • 明码标价之公共数据库探索

    众所周知,肿瘤的TNM分期是目前临床上比较常用的分期方式之一: 其中的T代表的是肿瘤原发灶,其中包括原发灶的部位.大小.数目.侵犯的范围.浸润的深度等 而N代表的是转移淋巴结,包括转移淋巴结的数目.大 ...

  • 如何使用TCGA数据分析肠道菌群

    我们知道TCGA数据库包括很多患者的二代测序的数据.关于二代测序.之前我们就介绍过,其实二代测序的数据是是一部分所有细胞的核苷酸序列.对于这一部分的序列,只是看我们拿什么背景物种的参考基因组,就可以比 ...

  • 在线聚类分析网站

    对于高维度的数据分析而言,例如RNA-seq的数据.我们在得到数据想要解释不同分组之间的差异的基因.往往都需要逐渐的降维来进行解释.最普遍的方法通过差异分析-富集分析这样的也算是一种逐步降维的操作.这 ...

  • NBT | CopyKAT : 自动化识别肿瘤细胞,加速肿瘤领域单细胞研究

      背景介绍 目前,单细胞转录组技术已成功应用于解析肿瘤微环境(TME)中正常细胞和肿瘤细胞的亚群和基因表达.同时,随着高通量测序技术的发展,使并行检测数以万计的单细胞转录组信息也成为可能. 然而,大 ...

  • 聊着天就把分析给做了

    之前我们介绍过一些用来预测基因在肿瘤当中表达情况的数据库.例如,GEPIA.UALCAN这些的.这些的数据库主要是通过输入目标基因,同时点击想要进行分析的模块就可以返回相关的结果.如果厌倦了点点点的话 ...