TCGA泛癌全基因组分析(PCAWG)介绍
我们都知道在TCGA数据库当中,包括了33种所有实体肿瘤的测序的结果(如果不知道的话,可以看我们今天的第二条推送哦!)。我们在进行TCGA数据分析的时候,除了可以对单一的癌种进行分析之外。还可以对所有的33种肿瘤进行统一的分析解读,来寻找33种肿瘤当中所存在的共同的特征。这就是我们说到的泛癌分析了。
关于泛癌分析的计划,从2013年就开始了。那个时候就提到了要对TCGA的所有数据来来进行整合的分析。
在2018年的时候,TCGA的相关工作人员在cell旗下的等一系列的高分杂志上发表了27篇相关的相关泛癌分析的文献。当时的那个计划叫做泛癌图谱(Pan-Cancer Atlas)。
再往后系统的泛癌分析接下来就是到了今年的PCAWG了。
泛癌全基因组分析(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes , PCAWG)是TCGA的相关工作人员,利用TCGA数据当中的WGS(全基因组测序)的数据。对所有肿瘤在DNA水平上的统一的分析。而这次的话,在nature旗下的杂志一次性的发表了17篇文章 (下一次的泛癌文章,会不会发到science旗下呢?)。
相关推荐
-
想发高分生信文章不得不知道的30个肿瘤综合性数据库推荐
想发高分生信文章不得不知道的30个肿瘤综合性数据库推荐
-
PCAWG计划-原发肿瘤的WGS数据整合分析
TCGA的Pan-Cancer早在2013就系统性提出来并且规划好了,见Nat. Genet. 2013 45:1113), 因为TCGA计划涉及到数据类型比较多,仅仅是DNA层面就有WGS,WES, ...
-
5分+甲基化泛癌纯生信,值得学习
大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"Pan-cancer methylation analysis reveals aninverse correlation of ...
-
学好生信,救人一命
最近谈到癌症的话题,可能让人立马谈"病"色变.但是早在两年前,一个生物学家利用数据分析,成功治好了自己的癌症. 为了生存奋斗 Sherley Pepke博士作为一名计算生物学家,妻 ...
-
100篇泛癌研究文献解读之病毒感染及整合到肿瘤病人基因里
为了分析不同类型.组织起源肿瘤的共性.差异以及新课题.TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划.参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov ...
-
文献实操 | 基于TCGA数据库免疫基因表达谱构建免疫亚组
启帆 精读 ZKQF 2018年宫颈癌占所有癌症相关死亡病例的3.3%.在20-39岁年龄组,宫颈癌是女性因癌症死亡的第2大原因.80%-90%的宫颈癌为鳞状细胞癌,宫颈鳞状细胞癌主要治疗方法为手术. ...
-
点进来,免费帮你做单基因泛癌表达分析(TCGA+GETx)
相信绝大多数研究肿瘤的科研工作者的工作都离不开某个特定的基因,现在绝大部分的单基因的生信文章也都有这么一个图,我就随便列举一些文章的Figure1 比如 再比如 再比如 再比如 再比如 再比如 再比如 ...
-
2600多个基因组!Nature发布迄今最全癌症基因图谱,有望提前数十年识别出肿瘤突变
癌症是一种基因病,由体细胞癌基因突变引起.早在2001年对首个人类基因组进行测序后,肿瘤的全面基因组表征就成为癌症研究人员的一个主要目标.从那时起,测序技术和分析工具取得的进展使得这个研究领域蓬勃发展 ...
-
最新7分+ 通路/基因集泛癌分析 两个月接收
在这项研究中,作者探索了剪接体通路(SP)活性与癌症基因组图谱(TCGA)中29种癌症类型的临床特征.抗肿瘤免疫特征.肿瘤免疫相关基因组和分子特征以及对免疫疗法和靶向疗法的反应之间的关联.结果发现SP ...
-
泛癌全基因数据分析工具推荐:UCSC XENA
前两天我们介绍了一下刚刚发表的泛癌的全基因组在线数据工具汇总的文章.同时也介绍了一下关于ICGC的使用,在那个文章里面提到了五个在线分析PCAWG的工具,今天就来介绍另外一个:UCSC XENA. 1 ...
-
泛癌全基因数据分析工具推荐:ICGC
写在前面 关于ICGC的数据库,我们之前有过一个简单的介绍,具体的可以参见第二条.今天的这个部分,只是来介绍一下关于在PCAWG分析的时候,ICGC的使用.其中涉及到的一些检索和分析的过程.其实也适用 ...
-
生信新思路:泛癌多聚腺苷酸化文献介绍
前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA(Alternative Polyadenylation)的东西,为什么要花这么久的时间分享这些呢?主要还是看到了两篇利用 TCGA ...
-
TCGA的28篇教程-早期泛癌研究
长期更新列表: 使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据(cBioPortal)TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 (离线打包版本)TCGA的28篇教程- 使用R语言的R ...
-
TCGA单基因免疫相关泛癌分析
最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...
-
TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑
前段时间我们推出了TCGA单基因泛癌分析,详见 TCGA单基因免疫相关泛癌分析(应要求,对出图添加更细致的描述) TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 其中GO,KEGG和GSEA富集分析我们是使 ...
-
单基因泛癌表达(TCGA+GTEx)
之前我们发布了单基因泛癌分析相关的文章,包括 TCGA单基因免疫相关泛癌分析 TCGA单基因免疫相关泛癌分析-进阶版本 TCGA单基因泛癌分析:富集分析结果答疑 这里有单基因在每种肿瘤中的表达图,仅限 ...
-
五一快乐!2021年洛阳最全牡丹品种介绍,给喜欢欣赏牡丹的你!
洛阳 有"千年帝都,牡丹花城"的美誉 "洛阳地脉花最宜,牡丹尤为天下奇" 牡丹花品种多种多样,你能认出来几种? 给你洛阳2021最全牡丹品种介绍 再也不用到处问 ...