100篇泛癌研究文献解读之激酶相关基因融合事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/  为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）

发表的杂志还算中规中矩，在：Nat Commun. 2014 Sep  文章是：The landscape of kinase fusions in cancer. 跟前面我们介绍的发表在： Sci Rep. 2013 Oct  ，文章是：The mutational landscape of phosphorylation signaling in cancer.比较类似，都是关注某一类型基因。不过本研究关注的是融合基因，不是简单的SNV事件。

文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

融合基因作为靶点

基因检测作为肿瘤分子分型的有效手段，为肿瘤的精准诊疗重要信息和支持。融合基因包含多种类型，这里指的是某个原癌基因与另一基因（称为「伴侣基因」）发生融合，导致癌症发生与进展。基因融合是血液恶性肿瘤和实体瘤的重要遗传学变化，比如 BCR-ABL 融合基因就是 CML（慢性粒细胞白血病）诊断 / 治疗期间需要检测一个重要指标。

融合基因事件比例是比较小的

纳入的癌症种类和病人数量

实验STAR-FUSION进行融合基因分析

流程不复杂，下载TCGA的fastq文件走STAR-FUSION流程就可以，但是里面的参数有点多，而且还加入了人工IGV检查的环节。

讨论融合基因结果

这里作者是讨论那些有着生物学背景的基因的融合事件。

融合基因检测和靶向药

ALK，Anaplastic Lymphoma Kinase，间变性淋巴瘤激酶，是胰岛素受体家族的一员，编码一个跨膜的、酪氨基激酶单体。EML4和ALK的融合上，在融合位点上有多种形式，融合的检出方法包括传统的荧光原位杂交（FISH）、基于 PCR 扩增技术（RACE-PCR 或 RT-PCR 联合测序技术、RT-qPCR、ddPCR 等）、免疫组织化学法（IHC）以及 NGS 等。金标准是FISH。

它的原理是使用红色荧光探针标记ALK基因的前面，使用绿色荧光探针标记ALK 基因的后面，一般正常的ALK基因，这两种荧光在一块，叠加显示出黄色的荧光信号。而如果ALK与其他基因发生了融合，则在显微镜下可以看到红色荧光和绿色荧光的分离，一般100个细胞数，超过15个就认为是阳性。

针对 ALK, ROS1, RET 融合基因的靶向药简介

  • 克唑替尼（Crizotinib），辉瑞公司药品，2011 年 FDA 批准可以用于晚期的、有 ALK 融合基因突变的肺癌的治疗。存在 ALK 融合基因突变的非小细胞肺癌的病人，经克唑替尼的治疗，客观反应率达到 60% 以上。其中 50% 以上的病人的无进展生存期可以达到 7 个月或者更长。

  • 色瑞替尼（Ceritinib），诺华公司药品，2014 年 FDA 可以用于克唑替尼治疗无效、或者不能耐受克唑替尼的，并且有 ALK 融合基因突变的，非小细胞肺癌病人。

  • RET 融合基因，目前还没有一款真正通过 FDA 批准的靶向药。现在市面上的大多数靶向抑制剂在有效率和生存数据上都不如其他靶点药物。

后记

整个研究的工作量就在于TCGA数据库的fastq数据的重新处理，跑star-fusion流程拿到融合事件，作者似乎并没有提供其分析结果下载，不过现在已经有其它公开的融合基因数据库了。

当然了，如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究，那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献！

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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