关于现代医学的批判，微生物这个环节无可避免。微生物在现代生命科学中占有举足轻重的地位，在很大程度上人们甚至把人类的健康战役看成是人与微生物的战役，足见人们对微生物的认识和态度也已然成为现代医学的范式部分。只要能发现微生物存在的，就把微生物当成罪魁祸首——所谓微生物致病论。那么这种范式是否也有问题呢？如脚气就被西医当成是一种微生物疾病，认为是真菌引起的，即刺激为真菌，受刺激的部位为脚。治疗就很简单，使用抗生素直接杀灭。可真菌为什么总像牛皮癣一样容易死灰复燃呢？为什么西医对诸多微生物疾病的治疗都并不如人意呢？万事求其本，我们得探究微生物的根本。如同其他的生命存在一样，微生物总需要有适宜的生存环境——刺激——才能存活，任何生命运动都是一个开放系统，不能脱离环境而单独存在，环境刺激是生命存在的基础。当适宜生存的环境出现，生命便出现；当环境不再适宜，生命便消亡。即万物互为环境，相互存在。因此，虽然在脚气中能够发现真菌，但我们首要思考的问题当是：真菌为什么得以生存？这个问题将引导我们去探究真菌赖以生存繁衍的（微）环境——如湿气。湿气不除，一味杀真菌，真菌容易卷土而来。湿气从何而来？人体，湿气下注，如肾虚水泛、脾虚生湿、肝胆湿热等等，这就引导我们去找寻异常的生理环节以及存在的刺激风、热、湿、躁、寒等。这些病因也势必导致其他相应症状的出现，我们的目光就不能仅仅局限于脚气这一个病症上，更不能把真菌当成是祸首而企图直接杀灭。这种针对局部表面症状的治疗，为典型的对症治疗，治标不治本，直接导致了治疗的无效性，要不脚气何以难除呢？口臭、牙龈出血等等，皆如此。可见，在常规情况下，微生物固然存在也不能成为直接治疗的对象，其存在是由适宜的生存环境导致的，正确的治疗对象只能是微生物赖以生存的微环境——人体内的不良刺激。因此，与其说微生物是二级衍生刺激（二级病因），不如说微生物本身不是病因，而是疾病，也只是一种反应症状。我们不能对症治疗，不能直接针对微生物作为。通过控制微生物生存的环境来治疗微生物疾病（实为症状），此法一开，海阔天空。如尖锐湿疣，西医认为尖锐湿疣是由一种叫“人乳头瘤病毒”的病原体HPV引起的，这个HPV非常顽固，主要生长在人的生殖器附近，因为是病毒，抗生素奈何不了它，西医也就爱莫能助。但是若能祛除体内湿气，则有意想不到的效果，可谓无湿不成疣。日本有医院用薏苡仁制剂给尖锐湿疣的患者服用，结果效果很不错，有的患者痊愈，不再复发。而薏苡仁性味甘、淡，凉，归经归脾、胃、肺经，主治健脾渗湿，除痹止泻，清热排浓。又如带状疱疹，西医认为是水痘带状疱疹病毒（VZV，现已命名为人疱疹病毒三型，HHV-3）引起的，该如何治疗呢？西医的病理解说中其实已现端倪：“VZV对体外环境的抵抗力较弱，在干燥的痂内很快失去活性。”原来这个病毒也喜欢在不干燥的环境中生存——还是湿邪在作祟，一般多为湿热。可见，一般情况下即便有微生物的存在，微生物貌似还很强悍，但总是人体内的刺激决定了微生物在人体的存亡。微生物就好比是锅里的沸水，看似闹腾得厉害，实际是锅底下所提供的条件造成的。那么治疗是该扬汤止沸还是釜底抽薪呢？答案显而易见。又如在普通感冒中也会发现病毒和细菌，这些微生物都不应成为直接治疗的对象。不直接针对微生物作为却能大有作为——无为而大有作为。如此等等，思路一开便能清晰，我们就能认知疾病的整体全貌，显微镜下的影像并非一切——“为腹不为目”。（下图为加拿大画家Rob Gonsalves的作品）一般来说，细菌、病毒、真菌在一些常规性疾病中都并不起主导作用，往往居于从属地位，根源是体内的刺激。治疗需针对根源，处于从属地位的因素自然也就一并解决了。在某些突发紧急情况下，微生物来势汹汹，在病因中起主导作用，可视为病因的源起，如瘟疫，为病毒；疟疾，为小型原生动物寄生虫。主要是因为微生物对人体造成了巨大刺激，引起局部生理巨变而产生较大的衍生刺激（人体应激反应的产物），如大热，进而引起生理环节快速严重异常。这些衍生刺激虽然在病因中处于从属地位，但由于引起生理严重失衡，危及人的生命安全，故而成为治疗的首要。这也属于中医治疗的原则：缓则治其本，急则治其标。倘若我们一味与微生物对抗，企图直接杀灭微生物以求一劳永逸，不顾衍生刺激等紧急症状，则容易延误病情，造成伤亡。这些能造成异常紧急情况的微生物同样依赖于人体内环境，人体内的刺激表征了人体的抵抗力，决定了微生物在人体的存亡。故而还得辨析微生物赖以生存的刺激及刺激所在的生理环节，这是求本，以致最终标本兼治。这种紧急情况下对微生物之标和本的把握，把握的总是人体内环境——生理之根本，依旧是统一的。如2020年春季开始波及全球的瘟疫（新型冠状病毒），用西医的思路和病毒一味对抗以及使用退烧药与发烧之症状对抗则死伤惨重，中医把握病毒导致的肺热以及大环境湿寒的特点双管齐下则可保大局。屠呦呦（1930-）因为青蒿素的提取而为世人熟知，但西医学界对青蒿素的作用机制尚不十分清楚，而“环境医学模式”却为我们提供了另一个思路。疟原虫寄生在红细胞内，其生长变化导致了红细胞破裂，红细胞和血红蛋白数量骤减，引发血虚，人体生理活动减缓，体温下降，出现寒战。此时对应原虫数量最多，也是发育繁殖的活跃期，拥有最适宜的生存温度。阴血亏虚而阳气无所依，浮散于外，故而发热，为虚热，此热为血虚发热。血虚能导致体温下降身体发冷，所以血虚越严重发冷越显著，血虚越严重浮阳越发散，则发热时体温就愈高，可达40℃以上。虽然表现（标）为时冷时热，冷热交替，实则是外热内寒，寒热皆为标，血虚为本，根源是疟原虫破坏了红细胞导致血虚，疟原虫是最根本刺激。反过来，发热越严重，则体内越寒，在一定低温度范围内越有利于疟原虫的发育，形成恶性循环。中医认为青蒿能治疗虚热之血虚发热，虽不直接治疗血虚，也不直接针对和杀灭疟原虫，但由于控制虚热调控了体寒，从而破坏了疟原虫在人体内最适宜的生存繁殖温度，疟原虫便死去，人体机能自行恢复，疾病也便治愈，达到了标本兼治的效果。倘若直接杀灭疟原虫可以解决问题，那氯喹（Chloroquine）和奎宁（Quinine）就已经足够了，哪里还轮得到青蒿素呢！反过来，倘若青蒿素也是起直接杀灭的作用，那遇到的问题（如耐药性）也会和氯喹和奎宁这两前任一样，和其他所有的抗生素一样，都乐观不了几天。可见，青蒿治疗疟疾，并非直接针对疟原虫作为，而是针对疟原虫的衍生刺激和其适宜生存的环境刺激——无为而大有所为。西医的范式则决定了他们永远都搞不懂青蒿素的作用机制。又如狂犬病，是由狂犬病毒引起的。西医通过一种特殊的生物制剂——狂犬病疫苗——来对付病毒，使病毒夭折在摇篮里。但是，倘若未能及时采用疫苗治疗，病情已经发展到了一定阶段，出现了诸多狂犬病症状，此时再采用疫苗疗法已无效，西医可还有其他办法呢？基本没有。那中医呢？当然有。还是同样的原则，通过四诊综合判断为淤血引起的阳明胃经病，方用下淤血汤。不仅如此，《黄帝内经·素问 阳明脉解篇第三十》中几乎对此经病出现的症状以及导致各种症状的原因都进行了详细解答，只是未提及狂犬病症状也如此，后人也很少把此篇与狂犬病联系起来。各疾病纵然千变万化，但病理始终不离其宗。西医虽然发明了狂犬病疫苗，但是“目前对狂犬病导致死亡的病理生理学尚未阐明”，因为发狂的症状使得西医纠结于神经组织，尽管觉得有“炎症”广泛分布于脑、脊髓、脊神经根等处，但又发现神经组织结构并没有被破坏，只能怀疑是由于控制循环和呼吸系统的中枢神经系统受累或功能性障碍——西医所认知的“生理病理”实在难以自圆其说，这是宇宙观和方法论导致的。还是那句话：“知其要者，一言而终；不知其要者，流散无穷。”老子言“知者不言，言者不知”。
即便西医疫苗的应用，也还是利用了环境刺激，通过生理对疫苗的应激反应而生成“抗体”，这种“抗体”只对病原微生物具有针对性，从而实现治疗的目的。这就好像农业生产中人为引入某种生物以解决某种病虫害，而非像使用农药一般赤裸裸的杀戮，进而通杀一片。而人为引入的生物又存在破坏生态的隐患，即可能带来副作用、并发症、后遗症等等。另外疫苗也只是人造生物，而非自然生物，疫苗生产和应用的整个环节又将对自然整体造成破坏，在道的层面来说总是不可取的。如同人们想要与病毒隔离而生产出来大量的口罩，口罩的生产、使用以及消亡的过程将加速环境的恶化，这种恶化的结果又将反作用于包括人类在内的自然万物。
自然因果造就的某些微生物对人类造成了威胁，但对自然整体而言正是对其秩序的维系和对人类追求所谓美好和各种攫取、占有活动的警示，提醒人类适可而止，知止不殆。
如上种种，不论是普通的还是紧急的微生物疾病，不论这些微生物是否是导致生理异常的元凶，中医都不会直接针对这些微生物作为，而只是坚守因症辨证、辨证施治的基本原则，及时平衡恢复人体的生理内环境。正所谓“咬定青山不放松，任尔东西南北风”（《竹石》，郑板桥，1693-1765年）。《黄帝内经》云：“正气内存，邪不可干，邪之所凑，其气必虚”。传统中医虽然对进入人体的微生物质体了解有限，但由于坚守了生理内环境这一大本营，通过去除体内刺激清除了微生物的衍生刺激以及微生物赖以生存的微环境，而从根本上解决了微生物引发的疾病问题，所谓“曲则全”——生物与人体内环境为一整体，人体内环境与外界大环境为一整体，不可分割，这是“环境医学模式”的应用，是整体论的应用。
微生物疾病中抗生素的应用，则分割了微生物的环境刺激，也分割了人体的环境刺激，也就是分割了微生物的生理和人体生理，自然也分割了症状。因此西医微生物疾病的构成被分割简化为D=MO+Sn′′（MO为微生物microorganism，Sn′′为微生物存在处的症状）——这是“生物医学模式”的构成之一。微生物形成了一个闭环，也即微生物的生理形成一个闭环，人体生理也形成一个闭环。在这种思维指导下，直接针对微生物的杀戮就理所当然，而实际不但对微生物作用有限（微生物赖以生存的乐土依然存在，表现出抗药性），而且还成为一种极具破坏力的刺激作用于人体生理，进而带来危害——这就是抗生素收效甚微且引发副作用的根源，所谓“枉则直，洼则盈，敝则新”。
而今，深受“微生物致病论”的影响，特别是经历了2020年疫情之后，当代人更会把微生物视为头号公敌，欲杀之而后快。日常生活中各种抑菌、消毒用品以及广告满天飞，在农畜牧业生产中各种农药、抗生素为高产量保驾护航……人们在企盼着疫情赶紧结束而能恢复各种生产和运输活动……一场波及全球的瘟疫带给人们的只是对微生物的进一步畏惧和对抗，只是对自然的进一步攫取和破坏，远未涉及引发微生物祸患的根源——人类的贪欲，人们的生活态度、处理事物的方式、对世界的认识依旧如故，并未因一场瘟疫而改变。遭受严寒灾害地区的人们也很纳闷，地球到底是在变暖还是在变冷呢？孰不知冷、热、微生物灾害等等皆为局部症状，虚热即全球变暖为主症，根源为人类活动刺激以致地球阴阳两虚，所谓“邪之所凑，其气必虚”。六祖慧能（638-713年）曰：“不是风动，不是幡动，仁者心动。”在微生物面前，人们早就乱了阵脚，失了根本。
