使用GlimmerHMM 预测基因 此博文包含视频 (2018-01-04 13:13:24)转载
▼分类： 生物信息学1:软件网址：https://ccb.jhu.edu/software/glimmerhmm/2:下载近源物种的gff文件以及基因组序列，这个近源物种的寻找，个人的方法就是搞清楚你所测物种的门、纲、目、科、属，然后分别从属到门作为英文关键词在NCBI上搜索，选择其中组装效果比较好的基因组进行下载，最后是在属一级找到相近的物种3:准备GlimmerHMM所需要的输入文件：文件一：这是你下载的近源物种基因组序列无需整理>seq1AGTCGTCGCTAGCTAGCTAGCATCGAGTCTTTTCGATCGAGGACTAGACTTCTAGCTAGCTAGCATAGCATACGAGCATATCGGTCATGAGACTGATTGGGC>seq2TTTAGCTAGCTAGCATAGCATACGAGCATATCGGTAGACTGATTGGGTTTATGCGTTA文件二：下面的这个外显子位置信息文件来自于你下载的gff文件，不同的基因之间用空白行隔开，另外如果是“-”编码，注意更换外显子的位置seq1 5 15seq1 20 34seq1 50 48seq1 45 36seq2 17 204:整理好后运行：trainGlimmerHMM ref.fna exon_fileglimmerhmm_linux_x86_64 genome1-file training-dir-for-genome1 -g -o glimmerHMM.gff
赞 (0)