注意：不同时间选用不用的活菌种

在南美白对虾养殖的不同时期运用的活菌种是不相同的，前期、中期、后期不同时期用不同的菌种即可以保持水体的稳定，又可以保证对虾生长迅速。

前期

一般选用辅助藻类生长的活菌，即能分解大分子有机质的活菌，如：芽孢菌、酵母菌；能将大分子有机质分解成小分子供给藻类生长所需；能调控藻相的活菌如：光合菌、兼性芽孢菌、硝化菌或复合活菌EM菌等，其中发兼性芽孢菌、EM菌效果最好。注意无论哪种活菌都不能用量过大，同时注意活菌与肥水产品之间的协调与配合。

中期

可选用分解，净水能力强，芽孢菌、光合菌等；调理藻相，如：芽孢菌、EM菌；防病抑菌，如：乳酸菌、蛭弧菌等；并且注意活菌产品之间的搭配与交替使用。

后期

可选用分解能力强同时繁殖速度快芽孢菌、光合菌；处理污染物强的硝化菌、酵母菌、乳酸菌；只是要注意增氧，同时多与底改配合处理。

内服一般选用强耗氧型芽胞菌、乳酸菌、酵母菌交替拌料，养殖过程消毒可用蛭弧菌。一些特殊优化的芽孢菌代谢产物也有不错的杀菌抑菌效果，近些年来生物杀菌产品和一些活菌之间的搭配使用，能很好地实现化学消毒剂不能完成的消毒、补菌之间的无缝衔接，达到很好的生态防控疾病效果，遇到一些严重病害时，导致大量死虾看似无法挽救，可以用光合菌或EM菌大剂量的连续外用，有可能能达到意想不到的疗效。