土壤中含有大量的微生物，土壤中的细菌来自天然生活在土壤中的自养菌和腐物寄生菌以及随动物排泄物及其尸体进入土壤的细菌。它们大部分在离地面10～20厘米深的土壤处存在。土层越深，菌数越少，暴露于土层表面的细菌由于日光照射和干燥，不利于其生存，所以细菌数量少。土壤中的微生物以细菌为主，放线菌次之，另外还有真菌、螺旋体等。土壤中微生物绝大多数对人是有益的，它们参与大自然的物质循环，分解动物的尸体和排泄物；固定大气中的氮，供给植物利用；土壤中可分离出许多能产生抗生素(antibiotic)的微生物。进入土壤中的病原微生物容易死亡，但是一些能形成芽胞的细菌如破伤风杆菌、气性坏疽病原菌、肉毒杆菌、炭疽杆菌等可在土壤中存活多年。因此土壤与创伤及战伤的厌氧性感染有很大关系。
微生物平衡是生态稳定和土壤作物健康的保证。微生物肥料发展潜力大，任重道远。市场需求是现实的体现，更是占领市场的硬实力，需要有系列化的产品、有“独特”功能的产品、定制化的产品。一、生物（土壤）修复菌剂（地衣肥）、（农药解毒、除草剂降解等）功能菌剂，尤以克服中草药、蔬菜、烟草、果树等的重茬问题为迫切。二、固氮/根瘤菌剂和溶磷菌剂（肥力高），如大豆和花生根瘤菌剂，紫云英根瘤菌剂，苜蓿等豆科牧草根瘤菌剂；高效溶磷菌剂（真菌）。三、有机物料腐熟菌剂（也称发酵菌剂），适用于不同作物秸秆、不同气候条件、不同耕培栽作模式的快速腐熟菌剂为生产上所急需。四、新型的复合微生物肥料：活化养分、提高肥效、改良土壤、拮抗病害、提高品质；微生物与腐植酸等复合，在水肥一体化及设施农业中的应用（全营养/全价）。五、生物有机肥，在国家生态示范区、绿色和有机农产品基地等已成为肥料的主力军。六、抗旱菌剂（胶质芽孢杆菌），在西北等干旱区前景广阔。
胶质芽孢杆菌又叫硅酸盐菌剂，它是利用从作物根部筛选出来的解钾能力很强的硅酸盐细菌，采用特定的培养基，经工业发酵研制而成。
在土壤中通过其生命活动，增加植物营养元素的供应量，刺激作物生长，抑制有害微生物活动，有较强的增产效果，是目前增产效果最显著、获得广泛认可的微生物菌剂。
1.胶质芽孢杆菌能分泌生长素物质和赤霉素物质等促生长物质，增根壮苗，直接增强植株抗旱能力。
胶质芽孢杆菌的菌体内和发酵液中存在着生长素物质和赤霉素物质，该菌在发酵液中细胞分裂素含量达36毫克/升、赤霉素含量达348毫克/升、吲哚乙酸为38微克/毫升。其共同作用对作物产生刺激作用，增根壮苗，促进作物生长，增强了植株抗逆性。
2.胶质芽孢杆菌能分解土壤里硅元素供植物利用，使得植物的蜡质层增厚，提高植物保水能力。
胶质芽孢杆菌通过菌体细胞在种子或作物根系周围生长繁殖，在其代谢过程中产生大量的有机酸和酶，使土壤中难溶的硅铝酸盐等矿物分解，K、P、Si、Mg、Zn等以离子形式释放出来，供植物根系吸收、利用。
硅酸盐菌在土壤中生长、繁殖，分解土壤中偏硅酸盐等不溶性矿物质，使得植物能够从土壤中摄取大量的硅，从而使得植物的蜡质层增厚，提高植物的非特异性免疫能力和保水能力。
3.胶质芽孢杆菌能有效促进土壤团粒结构形成，防止土壤板结；同时破坏土壤毛细现象，防止土壤水分蒸发。因此大大提高土壤的抗旱能力，效果极为显著。
