自然人转让股权时个人所得税的缴纳问题
有限责任公司作为最广泛的市场经济主体，经常发生股权转让。而一旦发生股权转让，就必然涉及到纳税问题。这也是股权转让中最容易产生争议的问题。由于股东可以是自然人，也可以是企业法人，由于两者所缴纳的税种是不一样的，本文仅就自然人股东股权转让涉及的所得税问题进行分析研究，以达到抛砖引玉之效果。
一、股权转让的界定
股权转让是指个人将股权转让给其他个人或法人的行为。具体包括以下情形：（一）出售股权；（二）公司回购股权；（三）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；（四）股权被司法或行政机关强制过户；（五）以股权对外投资或进行其他非货币性交易；（六）以股权抵偿债务；（七）其他股权转移行为。
二、股权转让时按照哪种所得缴纳个人所得税
根据现行法律、行政法规的规定，财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。个人转让股权，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
三、股权转让缴纳个人所得税时的计税方法和依据
1、股权转让应纳税所得额的计算
根据现行法律、行政法规的规定，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额计算纳税。个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。
2、股权转让收入的确定
(1) 正常情况下,股权转让收入的范畴
根据现行法律、行政法规的规定，股权转让收入是指转让方因股权转让而获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。转让方取得与股权转让相关的各种款项，包括违约金、补偿金以及其他名目的款项、资产、权益等，均应当并入股权转让收入。而且，纳税人按照合同约定，在满足约定条件后取得的后续收入，应当作为股权转让收入。
(2)特定情形下股权转让收入的核定
根据现行法律、行政法规的规定，主管税务机关可以核定股权转让收入的情形有：①申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的；②未按照规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；③转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料；④其他应核定股权转让收入的情形。
(3)股权转让收入明显偏低的情形
视为股权转让收入明显偏低的情形包括：①申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；②申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；③申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；④申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；⑤不具合理性的无偿让渡股权或股份；⑥主管税务机关认定的其他情形。
(4)权转让收入明显偏低，视为有正当理由的情形
股权转让收入明显偏低，视为有正当理由的主要情形如下：①能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；②继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；③相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；④股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
(5)税务机关核定股权转让收入的法定方法
主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入：
净资产核定法，即股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。
被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。
6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
类比法，即，参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
其他合理方法，即主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
3、股权原值的确定
个人转让股权的原值依照以下方法确认：
① 以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
② 以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
③ 通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；
④ 被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；
⑤ 除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。
对个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。
四、个人所得税税率
由于《个人所得税法》对于个人所得税税率的规定非常明确，不再论述，看《个人所得税法》所附的表格即可。
五、股权转让时应缴纳个人所得税的数额
综上，股权转让人应纳税所得额按照上述税率计算所得的数额即为实际应当缴纳的个人所得税的数额。
六、股权转让个人所得税的承担
根据现行法律法规的规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人股权转让所得个人所得税，以股权转让方为纳税人，以受让方为扣缴义务人。
七、股权让协议中约定因股权转让方所产生的个人所得税由受让方承担的效力问题
在股权转让时,双方经常会约定因股权转让所产生的税费由受让人承担，而且因此发生争议的也不在少数。那么这一约定是否有效呢？
在正常情况下，如果不存在《民法典》规定的民事法律行为无效的情形，在司法实践中一般被认定为有效。这是因为，这一约定并不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
根据《个人所得税法》的规定，纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。同时，扣缴义务人应当按照纳税人提供的信息计算办理扣缴申报，不得擅自更改纳税人提供的信息。纳税人发现扣缴义务人提供或者扣缴申报的个人信息、所得、扣缴税款等与实际情况不符的，有权要求扣缴义务人修改。扣缴义务人拒绝修改的，纳税人应当报告税务机关，税务机关应当及时处理。
也就是说，无论是谁支付税款，纳税人都是股权转让人，因此，双方股权转让协议中关于个人所得税承担的约定并不改变纳税主体，既不破坏税收征收管理，也不影响国家税收的取得，因此，该类约定合法有效。这就像诉讼费的缴纳一样，开出的票据上只能是当事人人，而实际上谁缴纳在所不问。但为了避免日后产生纠纷，最好约定的更加明确而具体。
八、股权转让时受让方代扣代缴个人所得税的时间
代扣代缴个人所得税是一个法定的行为，必须严格按照法律的规定来进行。根据《个人所得税法》的规定，纳税人取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款的，纳税人应当在取得所得的次年六月三十日前，缴纳税款；税务机关通知限期缴纳的，纳税人应当按照期限缴纳税款。
也就是说，原告支付完股权转让款后，就丧失了代扣代缴的条件，在此情况下，就是需要缴纳个人所得税，也是由税务机关向应税人征缴。
以上内容是根据现行《个人所得税法》及《个人所得税法实施条例》进行分析的。由于我国《个人所得税法》和《个人所得税法实施条例》经过多次修改，因此，在实践中，如果双方之间所签订的《股权转让协议》时间较早，就应当适用当时的规定，在细节上可能有所不同，但是所得出的结论在大的方面是一致的。
鉴于个人所得税对于双方影响较大，因此，在双方签订《股权转让合同》时对此作出明确而具体的约定，避免日后产生纠纷。