Pannzer2 | 推荐一款强大的Gene Ontology注释网站

很多时候，我们一直想做到出色，做到出彩，但是比我们优秀的人，却在相同的方向上，做了十年，出彩了十年，而且他们没有停下脚步~~

写在前面

Emmm，GO注释常常是一个有点争议的分析项目。一般有两种注释方法：

  1. 基于结构域，比如interproscan

  2. 基于序列比对

当然，两者是本质。实际上，现在绝大多数注释都是基于 idmapping，比如比对到 nr 或者到 uniprot ，然后做一轮 IDMAPPING。比对到nr，能转化成GO注释的，基本就uniprot。商业化软件 BLAST2GO 就是这么个操作。TBtools也是这么个操作。这些GO注释都要自己比对，自己动手，还是耗费一些本地资源。很久很久以前，有看到这么一个在线工具Pannzer2。
最近终于还是找到时间看了下。感觉还不错

那我为啥觉得 Pannzer2 还不错？

  1. 他们专门搞了序列比对，用于注释，见文章《SANSparallel: interactive homology search against Uniprot》

  2. 他就是用的uniprot，而不用nr，跟我一直推荐的一样

  3. 他做了注释转移过程和注释转移后的语义过滤

当然，更多细节，感兴趣的朋友应该直接去看他的paper，见文章《PANNZER2: a rapid functional annotation web server》

使用简单

打开网站

http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/sanspanz/

选择Annotate即可进入注释提交页面

注意到，要求是一个文件不能超过10Mb。一般大概就是2w个蛋白序列。超过这个数目，可以直接用 TBtools 进行序列文件分隔。

如此，可以得到适合与提交到网站的注释信息文件，提交即可。

如此，等到即可

大体上花了 接近 2 个小时，也就是一个小时 1w+ 序列，感觉还不错。对于香蕉大概是3w+个基因。分别提交一个任务，是不是时间也不变? 这个我没测试。
但是速度已经可以了。完成后收到邮件如下，

打开对应链接，就可以查看结果

OK，
软件就介绍到这里。希望大伙不要一下子把对方的服务器跑崩溃了。
不要跟 Batch SMART 一样。。。

写在最后

网络服务好的时候，是真好，不好的时候，是真不好。不维护了呢？宕机了呢？倒闭了呢？一切都是绑定与被绑定。
不过，能解决眼前问题，不就行了嘛？不然呢？

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