生信文献 | HOXC11作为一种新的致癌基因在人结肠癌和肾透明细胞癌中发挥作用​

文献地址:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31923422/

Gene：HOXC11

Homeobox (HOX)基因编码一系列转录因子，在人类病理生理过程中发挥重要作用。有是个家族成员HOXA, HOXB, HOXC 和 HOXD，HOXC基因簇包含9个成员，分别为HOXC4、HOXC5、HOXC6、HOXC8、HOXC9、HOXC10、HOXC11、HOXC12和HOXC13。

生信分析部分:主要利用的TCGA数据库的一些在线分析工具，包括，GEPIA 、UALCAN、starBase v3.0和LinkedOmics 。KEGG分析利用WebGestalt (http://www.webgestalt.org/) 

大概结果:HOXC11在人类泛癌中高度表达,这部分就是利用GEPIA这个工具生成的图，几分钟搞定。

然后再分析这个基因的生存分析，同样是GEPIA 数据库

利用LinkedOmics和starBase v3.0 工具对HOXC11基因做一个预后价值分析。

然后选择结直肠癌和肾透明细胞癌在细胞水平上验证这个基因HOXC11促进细胞增殖。很简单的实验，就是干扰一下这个基因，测了个CCK8和流式，干扰后细胞增殖变慢，其实可以再做一个过表达，促进增殖的实验的。

接下来就是探究HOXC11如何促进细胞增殖的，HOXC11通过下调COAD和KIRC促进细胞增殖PPARγ，这里需要思考作者是如何选择PPARγ ？文章是这么写的，找COAD 和KIRC 的共表达基因，top50，得到下面的图。

并对这些共表达基因做了GSEA分析【学习：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析】

结果表明，HOXC11主要参与脂肪酸降解的调控和PPAR通路，PPAR这就基因不就出来了。然后Western blot验证一下PPAR的表达水平。

这样一篇文章就结束啦。

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