不可不知的基因组版本对应关系

不同版本对应关系

hg19，GRCH37和Ensembl75是三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位，即NCBI，UCSC和ENSEMBL各自发布的基因组信息。

hg系列，hg18/19/38来自UCSC，也是目前使用频率最高的基因组。从出道至今我就只看过hg19了，但是建议大家都转为hg38，因为它是目前的最新版本。

基因组各种版本对应关系综合来看如下所示：

  • GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52.

  • GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.

  • GRCh38 (hg38): ENSEMBL release_76/77/78/80/81/82.

ENSEMBL的版本特别复杂也很容易搞混，UCSC的版本就简单很多，常用的是hg19，最新版本为hg38。

看起来NCBI也是很简单，就GRCh36,37,38，但是里面水也很深！

  1. Feb 13 2014 00:00    Directory April_14_2003

  2. Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.33

  3. Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.1

  4. Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.2

  5. Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.3

  6. Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.35.1

  7. Aug 03 2009 00:00    Directory BUILD.36.1

  8. Aug 03 2009 00:00    Directory BUILD.36.2

  9. Sep 04 2012 00:00    Directory BUILD.36.3

  10. Jun 30 2011 00:00    Directory BUILD.37.1

  11. Sep 07 2011 00:00    Directory BUILD.37.2

  12. Dec 12 2012 00:00    Directory BUILD.37.3

从上面可以看到，有37.1， 37.2和 37.3 等等，不过这种版本一般指的是注释在更新而基因组序列一般不变。

总之你需要记住， hg19基因组大小是3G，压缩后八九百兆。

如果要下载GTF注释文件，基因组版本尤为重要。

GTF注释文件下载

NCBI：最新版（hg38）

  • ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/

NCBI：其它版本

  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/

Ensembl

  • ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homosapiens/Homosapiens.GRCh37.75.gtf.gz

变化上面链接中的release就可以拿到所有版本信息

  • ftp://ftp.ensembl.org/pub/

UCSC

本身需要一系列参数：

  1. 1. Navigate to http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

  2. 2. Select the following options:

  3. clade: Mammal

  4. genome: Human

  5. assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19)

  6. group: Genes and Gene Predictions

  7. track: UCSC Genes

  8. table: knownGene

  9. region: Select "genome" for the entire genome.

  10. output format: GTF - gene transfer format

  11. output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser

  12. 3. Click 'get output'.

搞清楚版本关系后就可以进行下载了。

UCSC基因组下载

UCSC里面下载非常方便，只需要根据基因组简称来拼接url：

  1. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz

  2. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/chromFa.tar.gz

  3. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz

  4. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz

或者用shell脚本指定下载的染色体号

  1. for i in $(seq 1 22) X Y M;

  2. do echo $i;

  3. wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;done

  4. gunzip *.gz

  5. for i in $(seq 1 22) X Y M;

  6. do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;

  7. done

  8. rm -fr chr*.fasta

编辑校对：思考问题的熊

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