一个包的升级居然造成bioconductor如此大的破坏

以前从来不报错的 org.Hs.eg.db 类似的bioconductor包，这两天居然各个交流群都有人在问它！如下所示的报错：


Error: package or namespace load failed for 'org.Hs.eg.db’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details:
  call: l$contains
  error: $ operator is invalid for atomic vectors
  

其实简单搜索就可以发现解决方案，就是因为  RSQLite 的升级


  > packageVersion("RSQLite")
[1] '2.2.6’

remotes::install_version("RSQLite", version = "2.2.5")
 

很简单的安装一个低版本的 RSQLite 即可， 安装成功后，重新打开一下R语言！

上一次遇到这样的问题还是一个  readr 的包，应该是GEOquery依赖于它。

 

bioconductor 的包主要是生物信息学相关

众所周知，发布在bioconductor的包主要是生物信息学相关，在官方可以看到其主要是分成3类：

  • 软件方面的包（包括各种芯片数据处理，NGS数据处理，差异分析等等！）
  • 注释方面的包(第二类是一系列的基因组注释包，主要是各种ID的转换，kegg或者GO这样的功能注释，还有其它基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等)
  • 实验数据的包(每一个实验数据包都是一篇优秀的生物信息学分析文章，分析方法，思路都是值得学习的！)

不过，bioconductor除了罗列这3种包，还给了一些其它资源，比如：

  • S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解，因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数，需要细致的讲解)

  • 分析流程的讲解

    • AnnotationWorkflow (3)
       BasicWorkflow (5)
       EpigeneticsWorkflow (4)
       GeneExpressionWorkflow (11)
       GenomicVariantsWorkflow (2)
       ImmunoOncologyWorkflow (14)
       ProteomicsWorkflow (2)
       ResourceQueryingWorkflow (2)
       SingleCellWorkflow (2)

  • 其它学习资源收集与翻译( bioconductor牵头的一些网络公开课或者研讨会)

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