企业为了扩展业务的需要，有的时候需要在全国各地，或者世界范围内设立自己的分支机构。现在企业要想发展，单单把眼光放在自己的一亩三分地，已经不行了。分支机构肯定好设立，但是在税务处理方面，就复杂了。

总分机构企业所得税管理办法

总分机构企业缴纳的企业所得税，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的处理办法。具体来说，就是所得税统一计算出来以后，总分机构承担50%，分级机构整体承担50%。然后，分支机构按照资产总额、经营收入和职工工资的比重再分摊。

例如：甲公司是总机构，且是管理机构，同时不参与具体的生产经营。甲公司下面有二个分支机构，即分公司乙和分公司丙。2020年度财务报告中，乙公司营业收入5000、职工薪酬2500、资产总额2000；丙公司营业收入10000万元、职工薪酬4200、资产总额7800万元。

若2020年该公司应纳税所得额是100000，总、分公司均适用25%的企业所得税税率。

同时根据《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》的规定，我们可以知道分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素的权重依次为0.35、0.35和0.3。则总、分公司应分摊的企业所得税如下：

总机构甲公司分摊的应纳税所得额=100000×50%=50000。分支机构应当分摊的应纳税所得额=100000×50%=50000。

乙公司按照权重计算需要分摊比例=（5000/15000）×0.35+（2500/6700）×0.35+（2000/9800）×0.30=0.31。

丙公按照权重计算需要分摊比例=（10000/15000）×0.35+（4200/6700）×0.35+（7800/9800）×0.30=0.69。

根据以上的比例可知，甲公司应缴纳的所得税额=50000×25%=12500；乙公司应纳所得税额=50000×0.31×25%=3856；丙公司应纳所得税额=5000×0.6915118286×25%=8644万元。

总机构预缴企业所得税的具体规定

根据《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》的相关规定，我们可以知道总机构预缴的50%，需要就其中的一半即当期企业应纳税额的25％，在所在地办理就地缴库。这部分税款收入，中央与地方按照六四分享。

而总机构应将剩余的一半，即企业总共当期应预缴税款的25％，就地汇入中央国库。对于这部分税额收入而言，60％是中央收入。对于剩余的40％按照一定的比例定期向各省市进行分配。

由于企业在各地享受的税收优惠不同，而总分机构在预缴税款时，需要先计算出总共需要预缴的税款，然后再在总分机构之间进行分配。

这样的情况下，企业就会有向企业所得税税率低的分公司转移收入的想法。毕竟这样可以达到偷税的可能。这个时候，相关部门就需要严格审核企业的关联交易，从而发现企业可能存在的涉税问题。