这种好像来自外星的神秘DNA，究竟是啥？
这种好像来自外星的神秘DNA，究竟是啥？
本文来自微信公众号：学术经纬（ID：Global_Academia），药明康德内容团队编辑
近日，《科学》与《自然》杂志官网齐齐报道了一篇最新上线的论文——科学家们在野外找到一种奇特的DNA，其结构让研究人员们惊呼“前所未见”。更古怪的是，这种DNA看似还能从周围环境中的微生物里抓取基因，让它们成为自己的一部分，很有武侠小说中“吸星大法”的感觉。
这种DNA被命名为“博格”，来自科幻电视剧里的邪恶种族（图片来源：Marcin Wichary, CC BY 2.0 <https://creativecommons.org/licenses/by/2.0>, via Wikimedia Commons）
本论文的通讯作者Jillian Banfield教授将这种神秘DNA命名为“博格”（Borg），来自科幻剧《星际穿越》里的邪恶外星种族。这种外星生物会同化遇到的其它生命，让自身变得更加完美。Banfield教授坦言，起名的灵感来自她热爱科幻的儿子。
“博格DNA”究竟是什么？没有人知道答案。Banfield教授在加州大学伯克利分校（UC Berkeley）的课题组原本想要研究能降解温室气体甲烷的古细菌，以及能感染这些古细菌，从而影响其甲烷降解能力的病毒。
Banfield教授发现“博格DNA”的过程可谓是意外收获（图片来源：Banfield教授课题组官网）
由于古细菌多生活在厌氧环境下，研究人员们得挖一米多深的坑才能抵达它们的居住地。随后，这些科学家把泥土样本带回实验室做测序分析，获取里头每一条DNA的序列，再通过计算机程序寻找其中来自病毒的DNA。
“我们的研究从一小块泥土和十万亿条DNA开始。” Banfield教授说道。
有意思的是，从她家后院获得的一份泥土样本，竟有一段超长的DNA，长度接近一百万个碱基。这条DNA里暗藏大量基因，其中超过一半都是全新的基因。
不同的“博格DNA”含有接近的遗传结构（图片来源：参考资料[1]）
而且这种DNA有着非常特殊的结构——它们的头和尾都有近乎镜像的序列，在基因之间也有特殊的重复序列。此外，它上边还有可供DNA启动复制的序列，表明此类DNA有进行自我复制的潜力。综合来看，这些发现表明这种DNA不是随机产生的。
通过比对，研究人员们也发现这种DNA里既含有来自古细菌的基因，也含有一些对于代谢至关重要的基因，可谓是五花八门。“博格DNA”的名字也由此而来。
知道了“博格DNA”的特性后，这支科研团队又做了大量的数据库检索，发现它普遍存在于不同地区——从Banfield教授家的后院到加州废弃的水银矿，再到科罗拉多州的河床与地下水……研究人员们一共找到了23种潜在的“博格DNA”，其中19种与首个被发现的“博格DNA”具有一样的特性。
本文发表在预印本网站bioRxiv上，研究人员们也期待同行评议能带来更多灵感与思考（图片来源：参考资料[1]）
对于这个发现，一些微生物学家们表示这些DNA的结构“前所未见”。从本质上看，此类DNA的官方术语叫做“染色体外元件”（extrachromosomal elements），指存在于染色体之外的遗传物质。最常见的例子就是细菌里的质粒，能让细菌对抗生素产生耐受性。
但“博格DNA”与常见的质粒相比，尺寸实在是大太多了。Banfield教授表示，光从长度上看，它的尺寸已接近微生物染色体长度的三分之一。
从演化的角度上看，要保持如此长的DNA，是一件吃力不讨好的事。研究人员们猜测，既然它们的序列中都含有来自古细菌的基因，或许这些“博格DNA”对于古细菌的生存是不可或缺的。遗憾的是，研究人员还无法在实验室培养这些古细菌，因此无从检验这一想法。
关于“博格DNA”的功能，一种解释是认为它能与古细菌共存。图中的红色为“博格DNA”编码的蛋白质（图片来源：参考资料[1]）
还有另外一些看似疯狂的解释，比如“博格DNA”来自某种未知的微生物，随后被其它古细菌所同化，正如线粒体被真核细胞所同化一般。又或者，这些“博格DNA”本身是一种巨型病毒……
它究竟是什么？很多科学家们正在等待答案。
不管“博格DNA”具体具有怎样的功能，它的存在都说明了一个事实——很多遗传元件能在不同染色体间，甚至不同物种间“跳跃”，让生命更好地适应环境。这也正是生命的神奇之处。
参考资料：
[1] Basem Al-Shayeb et al., (2021), Borgs are giant extrachromosomal elements with the potential to augment methane oxidation, bioRxiv, DOI: https://doi.org/10.1101/2021.07.10.451761
[2] Mysterious DNA sequences, known as 'Borgs,’ recovered from California mud, Retrieved July 19, 2021, from https://www.sciencemag.org/news/2021/07/mysterious-dna-sequences-known-borgs-recovered-california-mud
[3] Massive DNA 'Borg’ structures perplex scientists, Retrieved July 19, 2021, from https://www.nature.com/articles/d41586-021-01947-3
本文来自微信公众号：学术经纬（ID：Global_Academia），药明康德内容团队编辑