韦恩图(5 group)
上图来源于:2013年Nature的文章《Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu》
在刚接触转录组,准备做一个韦恩图的时候,觉得5 group的韦恩图都不太好看,就在网上找啊找。有一天不经意间看到了这篇文章,就得这个韦恩图正合我意。但是其画图方法或软件却没有被找到。最终就选用R语言画了个不太满意的,然后在AI里照葫芦画瓢,把数据添加了上去,也算是完成了。
最近突然又想起了这个事情,觉得这个图应该会有R包吧,就搜了搜。果不其然找到了做这个图的R包:venn
使用起来也超级简单,代码如下
install.packages("venn")
library(venn)
a <- list(A=c(1:5),B=c(2:6),C=c(3:7),D=c(4:8),E=c(5:10))
venn(a, ilab=TRUE, zcolor = "style")
这个包还可以做更多group的韦恩图,但是个人认为大于5group的韦恩图不适合用这种展现形式,原因是不太适于数值的观察。建议使用Upset plot展示,具体可以使用UpSetR包来画。下期再介绍这个包的使用。
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