中秋巨献!科研人渴求的重磅数据库!错过真要悔一生 2024-06-24 12:00:18 本期直播主题: 如何半小时搞定一篇医学文献? 点击预约按钮,领开播好礼! 解螺旋公众号·陪伴你科研的第2693天翻牌啦!我们之前在介绍肿瘤表观遗传相关数据库MR4Cancer(http://cis.hku.hk/MR4Cancer)的时候有小伙伴给我们留言想要了解一下已知目的基因如何找转录因子,还获得了较多的点赞数。看来还是有不少的小伙伴都存在这种困惑,今天我们就一起来看一下footprintDB数据库。首先,我们需要了解一下转录因子。转录因子(transcription factor, TF)是一类序列特异性DNA结合蛋白,能够结合在靶基因上游的转录因子结合位点序列(transcription factor binding site, TFBS),参与调控基因转录过程。转录因子至少含有一个DNA结合结构域(DNA binding domain, DBD),用以识别和结合靶基因上游TFBS序列;含有多个转录效应结构,用以结合其他转录调节因子形成一个“基因启动子区域+TF+RNA聚合酶+其他辅助转录调控因子”形式的转录起始复合物,参与调控下游基因转录过程。目前已有诸多网站可以用来预测转录因子/靶基因,比如JASPAR和GTRD等。但footprintDB(http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php)是笔者认为最简单和稳定的了。footprintDB数据库的开发者来自西班牙,数据库相关文章(PMID: 24234003)于2014年1月发表在Bioinformatics期刊(2020IF=6.932)上。截至2021-08-15该数据库相关文章已引用28次(数据来源:PubMed)。开发者们整合了包括JASPAR在内的19的数据库的信息和相关文献,得到了9451个转录因子和13768个DNA motifs和35163个DNA Binding Sites/Sequences。该数据库可以实现转录因子和靶基因的相互预测。现在我们就来实操一下。在检索页面支持关键词和序列两种检索方式。1关键词关键词检索支持转录因子、DNA motifs和DNA Binding Sites的检索。这三者既可以单独检索,也可以混合检索。我们直接使用网站的的Demo数据——myeloblastosis oncogene(成髓细胞血症癌基因)进行检索,所有的设置均为默认。(是的,该数据库还支持直接进行疾病检索)结果页面显示,在myeloblastosis oncogene为关键词检索的结果为2个转录因子和4个DNA Binding Motifs。点击“Show results”即可查看详细结果。1. 先是转录因子网站将结果整理为6列的表格,包括了Accessions、Names、Organisms(种属)、Description and notes、Binding Motifs和Binding Sites共六种信息。蓝色字体表示带有超链接,可以直接点击查看详情。如点击第一个检索结果“UP00081A (UniPROBE 20160601)”可直接查看详情。而在“DNA Binding Motif”和“DNA Binding Site”也可查看详情。2. 再看DNA Binding Motif这里显示了在myeloblastosis oncogene中的4个靶基因及其对应的转录因子。同样以表格的形式呈现,包括了Accessions、Names、Consensus、Organisms(种属)、Binding TFs和Binding Sites共六种信息。蓝色字体表示带有超链接,可以直接点击查看详情。细心的小伙伴可能发现了靶基因和转录因子的结果是有重复的。他们作为myeloblastosis oncogene的结果在两个表格里面是交替出现的。2序列我们同样使用网站Demo数据进行检索。结果仍然是以表格形式呈现,包括了footprintDB template、Source、Organisms、STAMP e-value、Motif similarity、footprinDB PWM / Consensus、Binding proteins、Interface sequences和Pfam domains等信息。绿色表示带有超链接,点击可查看详情;红色表示可以直接显示详情。感兴趣的小伙伴可以实操一下。最后,我们来看一下用该数据库发的文章。总的来说,开发者们帮我们整理了来自多个数据库和已发表文献中的转录因子和靶基因的相关信息,并提供了一个方便快捷稳定的检索和结果显示,对于转录因子和靶基因之间的相互预测可以说是非常友好的了。另外,该数据库还支持疾病检索,这可能会为你的课题带来一丝灵感。想看什么都可以提,今天是特别的解螺旋许愿池时间~—END—撰文丨阿波没有罗排版丨豨莶 无版面费,最快半个月接收的,影响因子再破新高的肿瘤放疗top期刊! 让导师奔溃,让编辑沉默!这样的 SCI 论文不要再写了! 致谢不提导师姓名,实际两年就读下博士,这是学神还是…… 赞 (0) 相关推荐 最强攻略5:史上最全转录调控数据库汇总解读 一.转录因子介绍 转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子.转录因子通过识别特定的DNA序 ... JASPAR:转录因子motif数据库 motif是一段重复出现在基因序列上的一段片段,通常具有高度重复的碱基序列,是转录因子或者DNA结合蛋白识别并结合的锚定点,就像之前说的,一个DNA结合蛋白可能对应多个motif,motif也会对应多 ... HOCOMOCO:大规模ChIP-Seq分析下的人与小鼠转录因子数据库 HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模 ... footprintDB:查转录因子、靶基因,我都OK 导语 转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子.转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色 ... 人类染色质开放状态数据库 对于转录因子预测而言,我们昨天的数据库介绍当中也提到了.转录因子主要是通过识别DNA序列当中的基序(motif)来调控目标基因的.所以其实我们在知道了一个基因的motif的时候就差不多能找到这个转录因 ... 这题我会--如何弄清转录因子调控的基因(Cistrome DB数据库) 一个转录因子能同时控制多个基因的表达,同时转录因子的功能作用也可能受多个调控因子的影响.Cistrome DB就是这样的一个数据库,可以展示转录因子的相关调控内容. Cistrome DB历年样本数据 ... cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon 五一劳动节,连续五天,在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧,课程已经结束啦.文末有录播回放学习方式,以及配套授课资料! 下面是cytoscape讲师的笔记 一. ... 快上车!综合数据库footprintDB同时搞定转录因子与靶基因查询 一文学会footprintDB数据库使用方法 嗨,小伙伴们大家好!这里是每周一弘毅专栏,我志向用小小文字助力你的SCI发表之路.本周继续转录因子话题,给大家带来转录因子综合数据库footprintDB ... 中秋巨献:书画频道馆藏精品国画拍卖专场重磅上线 中秋团圆,承载着人们太多的思念之情.情谊如何表达,在传统文化中有很好的典范.古代文人在中秋聚会赏月.赋诗之外,大多一同观赏书画,互赠书画,既文雅又彰显身份和文化底蕴.明代著名书画大家沈周,酷爱以自己的 ... 中秋巨献:书画频道馆藏精品国画拍卖专场 中秋团圆,承载着人们太多的思念之情.情谊如何表达,在传统文化中有很好的典范.古代文人在中秋聚会赏月.赋诗之外,大多一同观赏书画,互赠书画,既文雅又彰显身份和文化底蕴.明代著名书画大家沈周,酷爱以自 ... 身是菩提树,心如明镜台,鲁大东、沈乐平、黄文斌、王义骅...“禅”主题中秋巨献! 佛教,虽说是从印度传入中国,但是一千多年的沧海岁月,已经早就融入了极大多数中国人的心中,每逢初一.十五,善男信女们都会去寺庙祈祷,以求家庭幸福.身体健康.友朋和睦.学业有成...... 多少座千年古刹 ... 西班牙国宝级大师新作 合集重磅巨献! 前言 佩德罗·阿莫多瓦,西班牙国宝级电影大师,闻名于世的欧洲情涩名导,获奖无数也争议不断.自2019年的<痛苦与荣耀>横扫各大电影节,近两年来,阿莫多瓦仅仅执导了一部短片<人类的呼声 ... 周深21首独家编曲MV抢先看! 惊世巨献.重磅上阵! 周深21首独家编曲MV抢先看! 惊世巨献.重磅上阵! 重磅巨献 | 病原体多靶标检测解决方案专题页面正式上线 微生物感染会导致人体多种部位(呼吸道.消化道.生殖道等)的疾病或综合征,其感染源可能是病毒.细菌和真菌等微生物.对这些病原体的检测存在一定的挑战性.免疫检测的结果有限,而基于培养的方法则易于遭受污染并 ... 2020年终巨献:癌症免疫疗法重磅级研究成果解读 图片来源:NIAID [1]Nat Immunol:重磅!通过将T细胞重编程为干细胞样的记忆细胞来增强免疫疗法的治疗效益! doi:10.1038/s41590-020-00818-9 近日,一项刊登 ... 年终巨献!2020,你不可错过的10篇重磅好文 今天,2020年正式画上了句号. 这一年,一场疫情打乱了人们原本的生活节奏,这一年,一不小心,你我就见证了数次历史,一不留神,这磕磕绊绊的一年也就走到了尽头. 在过去的365天里,身边君为660000 ... 年度巨献 | 廖昌永 主编 “中国艺术歌曲研究大系”重磅推出 "中国艺术歌曲研究大系"弁言 廖昌永 乐与政洽,声与治通.<尚书>记载帝尧命乐官夔典乐,使他教胄子,以期"直而温,宽而栗, 刚而无虐,简而无傲.诗言志,歌永言 ...