基因组CRISPR筛选数据库介绍
前段时间一个汇总了多个基因组 CRISPR 数据的数据库：[[BioGRID ORCS-CRISPR筛选数据库]]。同时之前也介绍了一个肿瘤细胞系相关的 CRISPR 数据库 [[DepMap Portal-肿瘤细胞系综合分析数据库]]。
PS: 关于基因组的CRISPR可以查看： 基因组CRISPR基本内容介绍
对于这两个数据库，DepMap 相当于一个多组学的数据集，除了每个肿瘤细胞的 CRISPR 数据之外。还对每个细胞系进行了基因组、表达谱、甲基化多组学的检测。我们可以通过多组学的联合来探索 CRISPR 当中的特征基因和其他组学的关联。
但是DepMap当中只能关系肿瘤细胞系的基本情况。对于类似一些耐药情况的研究的话。分析不了了。而对于BioGRID ORCS 则就可以分析各种处理的情况。
由于这两个数据库是不同的功能。所以当我们想要了解一个基因的具体 CRISPR 信息的话。那就还得把两个数据库都使用一遍。就比较麻烦。所以今天就介绍一个融合了两个数据库数据的综合性 CRISPR 分析数据库：iCSDB: https://www.kobic.re.kr/icsdb/
背景数据集
通过上面的介绍也就知道，iCSDB 主要使用的是 DepMap 和 BioGRID 两个数据库的数据
数据库使用
数据检索
对于数据库的使用，也就是基于自己的研究目的，来检索相对应的结果即可。iCSDB 提供了三种选择方式：基于研究目的来选择；基于细胞系进行选择以及选择目标基因。
其中在细胞系选择当中，由于 CCLE 当中有其他组学的数据，所以可以基于 CCLE 的其他组学数据来选择数据库。在 iCSDB 当中，可以选择四种组学: 突变，拷贝数，表达以及基因融合情况。
关于 CCLE，其实还有其他组学例如甲基化的数据。但是在 iCSDB 当中没有包括。如果想要查询其他组学的数据，就使用 DepMap 来进行分析吧。
另外，在基因选择方面，除了输入自己想要检索的基因之外，还可以基于 MSigDB 提供的基因集来选择基因。
结果展示
这里拿就数据库提供的一个示例结果来进行展示。在这个例子当中，主要是分析 KRAS 突变的细胞系的细胞系当中的核心基因。
在结果当中，主要是基于不同的目的来进行结果展示，首先可以基于基因来关系目标基因在各个细胞系当中的分布情况。
同时也可以基于细胞系观察，每个细胞系当中的基因排序
另外还可以分析细胞系之间的相关性
总的来说
以上就是这个数据库的主要使用方法了。由于是融合了两个大型的 CRISPR 数据库的结果。所以相当于用一个数据库来分析两个数据库的情况。有想要分析基因组 CRISPR 的可以试一下这个数据库哈。