miRNA靶基因预测数据库

好啦，小伙伴们，上次咱们刚介绍过神器starbase，那么今天咱们再来学习一下另一款神器：miRWalk（http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/）。在咱们预测的时候，不能只逮着一个看，最好多看几个，这样结果才会更加准确！

关于该数据库，由于大多数数据库不再更新，为了运行更加方便快捷，所以miRWalk第3版本与第2版本相比将第三方数据减少为targetScan，miRDB和miRTarBase，采用不同的方法来实现几种不同算法的数据，以预测可能的结合位点。其中miRTarBase是经过实验验证的microRNA靶标数据库。

话不多说，根据官网地址，打开如下：

在这里，我们可以根据miRNA预测结合的靶基因，也可以根据靶基因预测结合的miRNA。使用起来非常简单。好了，下面我们就先看一下该数据库的具体使用方法。

1.     根据miRNA预测靶基因

选择物种后，输入miRNA名称

结果如下：Score越大，结果越可信，且预测结果可供下载。

2.     根据靶基因预测miRNA

选择物种后，输入基因名称

结果如下：该基因有3个转录本。其中NM代表已经证实的，XM是计算机预测，尚未证实的转录本。我们选择的时候根据研究的转录本再具体决定。

当然，该数据库不支持靶基因与miRNA同时输入，否则结果以靶基因为准。

当我们要预测多个miRNA或者基因时，当然不能一个一个输入，使用Target Mining我们可以实现一次输入多个，同时预测。

例如，我们一次输入多个miRNAs，这里以网站example为例。在选择物种及ID号码的类型后，输入两个miRNA，提交，接下来会显示具体输入miRNA的数量，点击继续就行。

结果如下：

由于数据相对较多，我们可以根据下面筛选框来做进一步筛选。如下图，我们可以根据miRNA，基因，两者结合得分情况，结合区域以及预测软件来进一步精简结果。

比如这里我们只筛选miRDB预测出来的结果。选择相应选项，点击筛选后，可以看到以下筛选结果均为miRDB预测出来的结果。

关于表格下面这三个部分，我们来简单介绍一下。

1.     Export

输出预测结果。

2.     Graph

可以得到miRNA与基因的网络图。具体如下，当然，图片可供下载。

3.     GSEA

即富集分析。点击该按钮进入后，显示与miRNA结合的所有基因的相关信息。

右边Geneset可供富集分析。根据下图可见还提供的有GO相关信息，在这里我们以KEGG为例，提交后

结果如下：P值越小，结果越可信。