消化系统肿瘤融合基因汇总
Gastric Cancer
Stomach Adenocarcinoma:STAT6-NAB2,STAT3-ACCN1,C19orf47-AKT2,EGFR-MED15,ANKIB1-EGFR,LOC100996654-EGFR,EGFR-SNX13,EGFR-HDAC1,ROS1-HS3ST5,GOPC-ROS1,CCDC6-RET,TRIM24-BRAF,TPM3-NTRK1,ATP1B1-NTRK1,KCNH5-NTRK1,STAT2-NTRK2,FGFR2-KIAA1217,FGFR4-UIMC1,FGFR1-LRIG2,FGFR2-MIR5694,FGFR2-FGFR1,FGFR2-TACC2,FGFR3-TACC3,FGFR3-JAKMIP1.
Colorectal carcinoma
Colorectal carcinoma:PTPRK-RSPO3,EIF3E-RSPO2,EGFR-GCA,EGFR-ZSWIM5,WDCP-ALK,EML4-ALK,SLC34A2-ROS1,CCDC6-RET,NCOA4-RET,ZKSCAN1-MET,GRB7-ERBB2,CUL1-BRAF,AGAP3-BRAF,CLVS1-FGFR1,TSC2-SLC9A3R2,EZH2-CUL1,NAV2-TCF7L1,VTI1A-TCF7L2,PLEKHA6-NTRK1,TPM3-NTRK1,LMNA-NTRK1,NOL10-NTRK1,LAYN-NTRK1,CPB2-AS1-NTRK2,VPS9D1-NTRK2,CYLD-NTRK2,ETV6-NTRK3,SMAD3-BRCA1,CHN1-IDH2,MIR365-2-NF1,JAK1-YTHDC1,ASB17-JAK1,NRG1-ABHD12;Pancreatic Neuroendocrine Tumor:TPR-NTRK1;Small Bowel Cancer:TACC2-FGFR2.
Appendiceal cancer
Appendiceal cancer:COX19-MAP2K4,LMNA-NTRK1,NF2-MIAT.
Hepatocellular carcinoma
Hepatocellular carcinoma:DNAJB1-PRKACA,FGFR2-TACC2,FGFR2-INA,FGFR4-FAM125B,FGFR2-KIAA1217,KANK1-MET,MET-KIF3B.
Cholangiocarcinoma
Intrahepatic cholangiocarcinoma:FGFR1-UNC5D,FGFR2-CCDC6,FGFR2-SLMAP,FGFR2-CEP162,FGFR2-KIF21A,FGFR2-LGSN,FGFR2-MTCL1,FGFR2-PAH,FGFR2-PHLDB2,FGFR2-RPAP3,FGFR2-PAH,FGFR2-PHLDB2,FGFR2-RPAP3,FGFR2-SHTN1,FGFR2-TBC1D4,FGFR2-TNS1,AHCYL1-FGFR2,FGFR2-KIAA1217,RASAL2-FGFR2,FGFR2-BICC2,FGFR2-BICC1,FGFR2-FAM13C,FGFR2-REEP3,RABGAP1L-FGFR2,LAMC1-FGFR2,FGFR2-CTNNA3,FGFR2-NOL4,FGFR2-SHC2,TFEC-FGFR2,FGFR2-ROCK1,FGFR2-NRBF2,RAB7L1-FGFR2,FGFR2-KIAA1217,FGFR2-NRAP,FGFR2-TACC1,FGFR2-TACC2,FGFR3-TACC3,FGFR1-KATA6,FGFR2-WAC,NCOA4-RET,GCC2-MET,EHBP1-MET,RABGAP1L-NTRK1,LMNA-NTRK1,NTRK2-RTP1,NTRK1-VWA3B,FAM227B-NTRK3,BRAF-PRKAR1B ,PIK3C2G-RERGL,TACR1-ESR1,ATP1B1-NRG1,FN1-NRG1.
Pancreatic cancer
Ampullary Carcinoma:FGFR2-KIAA1217,NAB2-PDZRN4;Pancreatic Neuroendocrine Tumor:ZNF678-JAK1;Acinar Cell Carcinoma of the Pancreas:BRAF-SND1,GIPC2-BRAF;Pancreatic Adenocarcinoma:C19orf26-STK11,FGFR2-VCL,FGFR2-MYOF,BRAF-LUC7L2,BRAF-SND1,BRAF-JHDM1D,BRAF-KIAA1549,PDE10A-BRAF,SLC4A4-ROS1,ETV6-NTRK3,EML4-NTRK3,ALK-ASAP2,ALK-HEPACAM2,REEP6-STK11,CDKN2BAS-CDKN2A,TUBGCP3-BRCA2,NOTCH1-UBAC1,CDKN2A-RB1,CDKN2BAS-CDKN2A.
分子检测对指导融合基因变异型消化系统肿瘤的个体化治疗具有重要作用,很多临床临床试验也要求患者入组前进行基因检测确认,但是融合的检测技术的选择不当可能会造成漏检。传统FISH检测对于融合伙伴无法确认,国际上AMP技术在消化系统肿瘤融合方面积累了很多经验,它的新一代测序技术PANO-Seq全景测序技术的全面应用为融合基因变异型消化系统肿瘤的检测更详细的诊断信息。
走进中国科学院大学附属肿瘤医院(浙江省肿瘤医院)I期临床试验病房
2013年,郑宗立博士在哈佛医学院麻省总医院工作期间发明了肿瘤基因检测技术--AMP(锚定多重PCR法)技术,其兼具杂交捕获法检测全面精度高和超多重PCR操作简便灵敏度高的优势,迅速在美国的顶级医院麻省总医院(综合排名多年全美第一)得以推广,成为该医院主要的肿瘤分子检测手段。该发明于2016年11月获得美国专利局专利,当时率先采用的一些关键技术(如单分子标记除重、多区域标签等)直至今日仍只有少数厂家能成熟掌握。
2017年纪念斯隆凯特琳癌症中心是美国第一个获批IVD的468基因 DNA NGS产品,而RNA 检测舍弃自行开发的MSK-IMPACT(基于杂交法),选择了 AMP技术。
2017年,郑宗立博士带领的海外归国团队创立恒特基因公司并开发了PANO-Seq全景测序是新一代的原创肿瘤测序技术平台,性能全面优于AMP。
【突破】RNA+DNA同时测序,检测癌症组织中的基因融合和碱基突变!
NGS接龙丨恒特基因首席科学家郑宗立:专注肿瘤测序,加速技术创新
测序百家丨恒特基因联合创始人郑宗立博士:聚焦基因融合,拓展精准医疗应用范围