3.9分 非肿瘤生信+实验验证 经典蹭热点思路 不到2个月接收
发表杂志：AnnTransl Med.
影响因子：3.931
该文章从投稿到接收不到两个月，属于非肿瘤分析经典的蹭热点思路（与免疫浸润结合）。而在生信分析部分，其实还有很多内容可以补充提高。
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研究背景
作为中枢神经系统的重要组成部分，脊髓损伤(SCI)是导致残疾的常见原因。严重的脊髓损伤伴有上下通路传导障碍。根据最新统计，SCI影响全球超过2704万人。身体损伤导致受伤脊髓出血、肿胀、缺血、缺氧、神经元和神经胶质细胞坏死。随着脊髓水肿和炎症的发展，神经元和神经胶质细胞的坏死和凋亡扩散到损伤中心以外的组织。胶质疤痕的形成可以稳定继发性损伤的扩散，也可以阻止轴突的再生。炎症反应、水肿、缺血、缺氧、兴奋性毒性、自由基损伤、脂质过氧化、细胞凋亡、胶质瘢痕形成等继发性损伤都严重影响神经的可塑性和功能恢复。
流程图
分析解读：
数据收集
①从GEO数据库下载基因表达谱GSE45006用于WGCNA共表达网络构建。
②从GEO数据库下载基因表达谱GSE2599用于后续模型验证。
结果：归一化处理后，GSE45006数据集箱线图的中线处于同一水平。
筛选模块基因
①提取前5000个差异表达基因的表达矩阵，作为网络构建的输入数据。根据无标度网络规则选择加权系数β。
结果：软阈值功率下的拓扑网络分析。
下图A：软阈值功率函数的无标度拟合指数。
下图B：软阈值功率函数的连通性。
WGCNA
①确定加权系数β后，将差异基因的表达矩阵转化为基因间的邻接矩阵、拓扑矩阵和相异矩阵。
②基于TOM，通过层次聚类方法进行基因聚类，通过动态切割算法进行系统聚类树的模块识别。
③当特征基因的相关系数平方>0.9、软阈值功率为18、基因数在100以上、切割高度等于0.95时，得到7个不同的共表达模块并用不同颜色表示。
结果：构建了7个共表达模块并以不同颜色显示。
下图：基因网络的热图。
下图：模块特征关联。每行对应一个模块性状基因，每列对应一个性状。
下图：棕色模块基因与脊髓损伤阶段基因之间的散点图。
富集分析
①使用Metascape数据库对特定模块中的基因进行注释和可视化，进行基因本体论(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。
结果：
下图A-C：GO富集分析。(A)生物过程。(B)细胞成分。(C)分子功能。
下图D：KEGG富集分析。
功能模块关键基因鉴定
①利用String网站构建PPI网络。
②使用Cytoscape软件进行可视化。
③维恩图分析GSE2599和GSE45006之间的中枢基因。
④qRT-PCR验证大鼠SCI样本和大鼠正常脊髓样本的3对慢性期中的5个候选基因。
结果：
下图：棕色模块的PPI网络。圆圈代表模块中的枢纽基因，线条表示枢纽基因之间的相互作用。不同的颜色代表不同的聚类基因。较粗的线代表较高的连接强度。
下图：GSE2599和GSE45006之间中枢基因的维恩图分析。
下图：基于PPI网络的5个关键候选基因的表达水平。
下图：qRT-PCR验证。
枢纽基因与免疫浸润的相关性分析
①分析中枢基因和免疫浸润细胞的相关性，并将结果可视化。
②构建疾病模型，通过流式细胞术分析检测免疫浸润细胞的数量。
结果：
下图：枢纽基因与浸润免疫细胞的相关性分析。CXCL10(A)、IRF7(B)、MX1(C)、RSAD2(D)、STAT1(E)和浸润细胞。
下图：流式细胞分析：脊髓损伤大鼠的CD4 T细胞和CD19 B细胞均显着增加。
小结：
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