零基础-手把手教你重复一篇6.2分的生信文章

最近看到一篇6.2分的生信文章，具有很强的可重复性，并且思路非常不错。所以带着大家重复一下文章中的每个图，也顺便学习一下各种工具的使用。

文章名：A pan-cancer analysis of the oncogenic role of staphylococcalnuclease domain-containing protein 1 (SND1) in human tumors
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下面进入正题：

Figure 1

本文的Figure 1是介绍SND1这个基因的表达情况

Figure 1a

通过TIMER2数据库，展示SND1在TCGA数据库中的表达。

TIMER2数据库的网址是：http://timer.cistrome.org/

打开后点击箭头所指位置

输入SND1

点击下载pdf就可以得到Figure 1a了

Figure 1b

对于TCGA数据库中没有正常组织的肿瘤类型，使用TCGA与GTEx数据库联合进行分析，该图是使用在线数据库GEPIA2

GEPIA2：http://gepia2.cancer-pku.cn/#index

打开网址点击箭头的位置

点击Box plot

按照箭头选择好

出图

大家可以一个一个选，就可以得到作者的图了。

Figure 1c

利用TCGA的蛋白表达数据，分析该基因的蛋白表达水平。

这里用到的是Ualcan数据库。

网址：http://ualcan.path.uab.edu/index.html

大家跟着红色箭头一步步的来

TCGA总共有7中肿瘤有蛋白数据，作者用了其中的6种

接着就得到了图以及p值，p值得星号可以用AI或者PS加上去，这里就不再演示了

其他得肿瘤类型也是一样，就不一一演示了。

Figure 1d

SND1基因在TCGA数据库各种肿瘤中不同分期的表达

这里用到的还是GEPIA2，前面已经介绍过，打开以后

其他肿瘤就不一一示范了。

Figure 2

本文的Figure 2是介绍SND1这个基因的预后情况

Figure 2依然是使用GEPIA2数据库

以SND1在BLCA中的OS为例画单个基因的生存分析图

Figure 3

本文的Figure 3是介绍SND1这个基因变异情况

所用的工具是cBioPortal
cBioPortal 网址：cBioPortal for Cancer Genomics