重磅!FDA加速批准AMG510上市,KRAS-“不可成药”靶点的逆袭之路
RAS是第一个被发现的人类肿瘤基因(oncogene)。KRAS基因的全名叫Kirsten rats arcomaviral oncogene homolog,翻成中文是“Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物”。KARS基因编码的蛋白是一种小GTP酶(smallGTPase),它属于RAS超蛋白家族。
1. KRAS基因的分类
在人的基因组中,有 2 个 KRAS 基因。一个是 KRAS1,位于第6号染色体的短臂上;另一个是 KRAS2,位于第 12 号染色体的短臂上。其中,KRAS1 是“假基因”,不能被转录成 RNA,所以它是没有功能的。而KRAS2才是“真基因”,能够转录、并且翻译成蛋白,具有生物学活性。通常公司和文献报道中所研究的KRAS基因和蛋白,是指“KRAS2”基因及其蛋白产物。
KRAS基因属于RAS基因家族。RAS基因家族当中,还有NRAS (neuroblastoma-RAS)和HRAS (Harvey-RAS)。
2. KRAS蛋白的结构和位置
KRAS蛋白质有188个氨基酸,它的分子量是21.6KD。拥有GTPase酶活性的鸟嘌呤核苷结合蛋白。
KRAS蛋白定位在细胞膜的内侧,通过一个法呢酰基(Farnesyl)的修饰基团【1】,连到细胞膜上。法呢酰基,是通过翻译后的蛋白修饰,在法呢酰基转移酶【2】的作用下,加到KRAS蛋白上的【3】。
来源:Farnesyltransferaseinhibitorsinhematologicmalignancies:newhorizonsintherapy
3. KRAS相关通路
正常细胞中,细胞膜上的EGFR、HER2、ErbB3和ErbB4等受体单体与细胞膜外配体结合形成二聚体,二聚体自身磷酸化,再磷酸化下游的信号蛋白。其中一条信号通路可激活Grb2-Shc,再激活SOS蛋白,进而可激活KRAS蛋白。
KRAS通路
在细胞内,KRAS蛋白在失活和激活状态之间转变,当KRAS与鸟嘌呤核苷二磷酸(GDP)结合时,它处于失活状态,当它与鸟嘌呤核苷三磷酸(GTP)结合时,它处于激活状态,并且可以激活下游信号通路。
下游信号通路
大部分细胞中的KRAS处于失活状态,当它被激活后,可以激活多条下游信号通路,其中包括MAPK信号通路,PI3K信号通路,和Ral-GEFs信号通路。这些信号通路在促进细胞生存、增殖和细胞因子释放方面具有重要作用。
4. KRAS活性的调节因子
KRAS在失活与激活状态之间的转换受到两类因子的调节。
一类是鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF),这类蛋白催化KRAS与GTP的结合,从而促进KRAS的激活,其中包括SOS蛋白(属GEFs/鸟苷释放因子/鸟苷酸交换因子)。
另一类是GTP酶(GTPase)激活蛋白(GAPs),这类蛋白能够促进与KRAS结合的GTP水解成为GDP终止活性状态,从而抑制KRAS的活性。
由于 RAS 在许多重要细胞信号网络的轴上处于中心位置,因此它们与许多癌症标志有关。RAS是人类癌症中最常出现突变的致癌基因,目前已经在所有人类肿瘤的大约1/5中发现了突变引起的RAS蛋白激活。
KRAS基因的三种主要突变
既然KRAS如此重要,且KRAS基因上的致癌突变十分清楚,那么,为什么到现在为止,仍未上市一个直接针对KRAS基因的靶向药物?原因在于KRAS蛋白是一种无特征、近乎球形的结构,无明显结合位点,很难合成一种能靶向结合并抑制其活性的化合物。长期以来无法攻克,KRAS已成为肿瘤药研发领域"不可成药"靶标的代名词。
困难点在于:
1) KRAS的作用泛围很广,KRAS的正常活性也是许多正常细胞功能所需要的活性,如选取直接抑制KRAS的药物,则该药物毒性可能会很大,副作用也可能会很强。且KRAS与NRAS、HRAS有很高的同源性,能抑制KRAS活性的药物,就很可能会抑制NRAS、HRAS的活性。那么,这个药物的毒性就可能很大。
2) 目前已知的KRAS的活性功能域,主要是KRAS与GDP、或GTP结合的口袋状的功能域。与蛋白激酶与ATP的亲和力较弱不同, KRAS与GTP、或GDP的结合非常强,亲合系数达到PicoMolar(皮摩尔浓度,10^-12)级。而正常细胞里面的GDP与GTP的浓度,达到了MicroMolar(微摩尔浓度,10^-6)级。所以,细胞内正常的GDP与GTP的浓度,比与KRAS结合所需的浓度,高了10的6次方倍。而RAS缺乏足够大的能够结合小分子的口袋;故要做出一种小分子化合物,其与KRAS的结合能力,要能与GDP、或者GTP相匹敌,非常难。
3) 设计一种只针对性抑制突变KRAS蛋白的活性药物,而尽量少影响正常KRAS蛋白的活性,需要此种化合物对突变的KRAS有很好的选择性。这是药物设计的又一个难题。
4) 然而,间接靶向KRAS的策略也是困难重重,包括阻断KRAS细胞膜定位和靶向KRAS下游的信号分子,如RAF、MEK、ERK和PI3K等家族成员。具体而言,间接途径的困难包括:(1)RAS是正常细胞生长和存活相关的必需途径,靶向必需途径首先面临严重的毒副作用,导致疗效指数非常狭窄甚至没有;(2)补偿逃逸机制,以及(3)由于严格调节导致的信号反馈和冗余。
近年来,针对KRAS突变体的共价抑制剂研究的突破让通过异构位点(allosteric)靶向KRAS突变体成为可能。在KRASG12C突变体中,与突变生成的胱氨酸共价结合的小分子更倾向与和GDP结合的KRAS蛋白相结合。而这一结合降低GTP与KRAS的亲和力,同时阻碍GEF催化GTP替换GDP,将KRASG12C突变体锁死在失活状态。KRASG12C突变体上这一结合“口袋“的发现催生了多款靶向KRASG12C突变体的小分子共价抑制剂。以下是国内外KRAS靶点药物的在研企业:
全球在研KRAS抑制剂(药智网早前数据,不完全统计)
中国在研KRAS抑制剂(药智网早前数据,不完全统计)