蔺蓉等GUT：新型内镜胶囊突破肠道无创采样难题 | 热心肠日报
今天是第1717期日报。
蔺蓉团队：可无创获取肠道生物信息的新型胶囊内镜
Gut[IF:19.819]
① 开发一种新型磁控采样胶囊内窥镜（MSCE），用其采集模型猪的肠内容物，分析微生物组和代谢组，并与手术采样的分析结果比对验证；② MSCE能通过可视化方式，方便、无创、准确地获取不同区域（空肠、回肠）和不同疾病状态下（健康vs抗生素腹泻）的肠内容物，成功率很高，且取样后密封良好无污染；③ 与手术采样对比表明，使用MSCE取样可以准确得到疾病相关的肠道菌群和代谢物丰度数据；④ MSCE或能在疾病的预防、诊断和治疗中发挥重要作用。
Novel scheme for non-invasive gut bioinformation acquisition with a magnetically controlled sampling capsule endoscope
01-15, doi: 10.1136/gutjnl-2020-322465
【主编评语】获取肠道菌群和代谢物信息的方法，目前主要包括氢呼气试验、粪便菌群检测和有创的内镜取样，这些方法都存在一些局限性。华中科技大学协和医院蔺蓉团队近期在Gut发表一项重要研究，报道了一种新型的磁控采样胶囊内镜（MSCE），能以可视化的方式，无创、准确地获取胃肠道的生物信息，包括采集肠道内容物用于菌群和代谢组分析等，该方法有望用于临床的疾病预防、诊断和个体化治疗以及肠道相关研究，值得专业人士阅读学习。（@mildbreeze）
Nature 子刊：拟杆菌对复杂多糖的独特降解方式
Nature Communications[IF:12.121]
① 阿拉伯木聚糖是一种常见的膳食纤维类多糖，可被一些拟杆菌或其他人结肠细菌降解；② 拟杆菌对复杂阿拉伯木聚糖的降解，依赖于可编码多种酯酶的基因簇多糖利用位点（PULs）；③ PUL在复杂阿拉伯木聚糖存在时可特异性上调；④ 一些酯酶可从复杂阿拉伯木聚糖中释放阿魏酸；⑤ 包括肠道拟杆菌在内的四种拟杆菌成员在复杂阿拉伯木聚糖上生长时，可诱导具有抗氧化和免疫调节活性的阿魏酸的积累，对宿主产生有益作用。
Degradation of complex arabinoxylans by human colonic Bacteroidetes
01-19, doi: 10.1038/s41467-020-20737-5
【主编评语】宿主可为肠道微生物提供糖类，或宿主难以消化的物质作为营养来源，大部分菌群在进化过程中获得多糖利用位点PUL，然而对于复杂和简单多糖的消化方式是否一致仍然有待研究。Nature Communication发表了一项研究，揭示拟杆菌可以通过不同的PUL分辨并利用简单和复杂多糖。同时，鉴定出利用复杂多糖的为可编码多种酯酶的基因簇多糖利用位点（PULs），并转化分泌阿魏酸。（@宇宙最酷Vera）
膳食-菌群的复杂性及互作（综述）
Genome Medicine[IF:10.675]
① 该综述总结了目前关于菌群-饮食互作的研究，并讨论了这些研究方法的前景及缺点；② 研究方法缺乏标准化，以及极端异质性的研究结果接踵而至，这可能与在准确捕捉饮食-菌群特征时的混杂因素有关；③ 新的研究方向应从改进饮食数据的收集、表征机制互作，及增加对组学技术手段（如代谢组学）方面的关注；④ 为了更深入的理解饮食-菌群互作的复杂性，应对研究方法进行重新评价，改进并在保持一致性方面做出努力。
The complexities of the diet-microbiome relationship: advances and perspectives
01-20, doi: 10.1186/s13073-020-00813-7
【主编评语】个性化的膳食调节对于疾病管理来说十分重要，然而膳食与菌群间复杂的相互作用关系仍不明确，因此这一方法存在诸多局限性。Genome Medicine发表的一篇综述，总结了现有的关于菌群-饮食互作的相关研究，研究方法的应用以及缺陷，并指出进一步加深对菌群-饮食互作的理解，应从研究技术方法，评价体系及采样手段等方面进行改进。（@宇宙最酷Vera）
张和平团队：益生菌增强肠道菌群的神经刺激活性以缓解压力与焦虑
Neurobiology of Stress[IF:7.197]
① 受试者口服植物乳杆菌P-8（n=43）或安慰剂（n=36）12周；② 干预后，安慰剂组的粪便菌群多样性降低，而益生菌组无显著变化，且安慰剂组粪便菌群的Aitchison距离变化显著高于益生菌组；③ 益生菌组的粪便菌群中青春双歧杆菌、长双歧杆菌和柔嫩梭菌显著增加，而粪便罗斯氏菌等显著减少；④ 益生菌可富集神经递质合成/消耗相关通路，以及某些预测的神经活性菌群代谢产物（如短链脂肪酸、γ-氨基丁酸、花生四烯酸和神经磷脂）。
Probiotic consumption relieved human stress and anxiety symptoms possibly via modulating the neuroactive potential of the gut microbiota
01-12, doi: 10.1016/j.ynstr.2021.100294
【主编评语】先前的一项随机双盲安慰剂对照试验表明，补充植物乳杆菌P-8可缓解成年人的压力与焦虑。内蒙古农业大学的张和平团队在Neurobiology of Stress上发表的一项最新研究，对该试验的结果进行深入分析后发现，植物乳杆菌P-8可调节肠道菌群多样性及组成，增加肠道菌群中的神经递质合成/消耗相关通路，并富集潜在的神经活性菌群代谢产物。（@szx）
益生菌调节色氨酸-犬尿素代谢通路
Neuroscience and Biobehavioral Reviews[IF:8.33]
① 纳入13项研究进行荟萃分析，总结益生菌及益生元对色氨酸-犬尿素代谢通路的影响；② 这些研究共涉及690名受试者，其中有10项RCT及3项单臂试验，共包含12个益生菌研究臂及2个益生元研究臂；③ 报告的指标为色氨酸-犬尿素代谢通路中的代谢产物，包括色氨酸、犬尿素、犬尿酸等；④ 4项RCT（共涉及253名受试者）的研究表明，益生菌对色氨酸浓度无显著影响，但可显著降低犬尿素浓度及犬尿素/色氨酸比例。
Prebiotic and probiotic supplementation and the tryptophan-kynurenine pathway: A systematic review and meta analysis
01-19, doi: 10.1016/j.neubiorev.2020.12.026
【主编评语】Neuroscience and Biobehavioral Reviews上发表的一项荟萃分析结果，总结了13项研究（共涉及690名受试者）的数据后发现，有初步证据表明益生菌可调控色氨酸-犬尿素代谢通路，但益生元的相关研究较少。（@szx）
eLife：肠道菌群“可传染” ，影响骨质发育！
eLife[IF:7.08]
① 无论遗传品系如何，在出生时获得的母亲菌群会影响后代出生后骨骼的发育；② 分段丝状菌（SFB）是一种诱导肠道Th17细胞增生的肠道菌，小鼠与SFB阳性菌小鼠同居后骨质丢失，骨髓Th17细胞增多，破骨细胞因子水平升高；③ 治疗性FMT过程中，如果移植了SFB菌，导致粪菌移植接受者显著骨质丢失；④ 肠道菌群是一种可以在个体之间传播并对骨骼发育产生显著影响的因素。
The gut microbiota is a transmissible determinant of skeletal maturation
01-12, doi: 10.7554/eLife.64237
【主编评语】遗传因素在决定人骨质变化中起到主要作用，非遗传因素的研究较少。eLife发表的一项研究，通过母系遗传、同居和粪菌定植等研究方法，揭示了肠道菌群在骨骼发育中的重要作用。该研究对转化医学有一定的启示，例如方法的鉴定和微生物转移的时间，这些推动了通过微生物治疗干预优化人骨骼发育的进展。（@宇宙最酷Vera）
Nature子刊：微生物组中的《社交网络》（观点）
Nature Ecology & Evolution[IF:12.541]
① 将生态学集合群落理论和生物地理学中‘岛’的概念放之于微生物组研究，微生物通过宿主‘生物岛’的社交网络进行传播；② 此种传播方式存在于自然界动物群体、人类社会和实验室可控环境中；③ ‘社群微生物组’则反映社交群体中所有个体的微生物集合群落，与‘泛微生物组’概念异曲同工；④ 社会环境因素在五个层级影响社群微生物组的结构，包括个体、组内、组间、种内和种间；⑤ 微生物自身的特性（如丰度和耐氧性）也影响其集群的传播。
Microbial transmission in animal social networks and the social microbiome
2020-06-22, doi: 10.1038/s41559-020-1220-8
【主编评语】Nature Ecology & Evolution 发表的观点性文章，探索共生菌群通过宿主社交网络的传播方式和机制。作者引入了生物岛、微生物集合群落、社群微生物组等概念，摆出框架以期为宿主的社会属性和个体的微生物组的研究提供更综合的视角和更全面的分析。（@solo）
新冠病毒会不会通过内镜传播？
Gut[IF:19.819]
① 对12名危重症COVID-19阳性病人进行内镜检查，包括上/下内镜检查、内镜超声、内镜逆行胰胆管造影和支气管镜等，对使用过的13个内镜进行SARS-CoV-2病毒分析；② 检查进行前，对内窥镜进行取样，结果呈阴性；③ 有趣的是，内窥镜检查结束后立即对其进行取样，SARS-CoV-2 RNA的检测依然呈阴性；④ 过氧乙酸PAA高度消毒后的内窥镜，其检测结果也是阴性；⑤ 该结论需要更大规模的研究进行证实，或将有助于全面了解病毒。
Endoscopes used in positive and critically ill patients are SARS-CoV-2 negative at virological assessment
01-06, doi: 10.1136/gutjnl-2020-323577
【主编评语】新冠病毒（SARS-CoV-2）在内镜检查中传播的风险，不仅存在于患者和内镜检查人员之间，还存在于使用未经充分再处理的内镜进行检查的过程中。目前还没有研究证实目前的内镜再处理方法对消除SARS-CoV-2传播的有效性。Gut近期发表的文章，发现内窥镜检查前、后以及PAA消毒处理后，其SARS-CoV-2病毒检测呈阴性。该结论需要更大规模的研究进行证实。（@爱的抉择）
IBD患者应该接种新冠疫苗吗？
Gut[IF:19.819]
① IBD患者感染SARS-CoV-2的风险与正常人群相同，也应尽早接种SARS-CoV-2疫苗，疾病活动度、使用的治疗药物种类、所处的治疗周期等因素不应影响接种时间；② 不含有活病毒的SARS-CoV-2疫苗（包括mRNA疫苗、复制无能载体疫苗、灭活疫苗和重组疫苗）对IBD患者是安全的，且可有效预防COVID-19，IBD患者应接种与其它人群相同的剂量；③ IBD患者不应接种SARS-CoV-2减毒活疫苗；④ IBD患者接受全身皮质类固醇治疗时，疫苗的效果可能会降低。
SARS-CoV-2 vaccination for patients with inflammatory bowel diseases: recommendations from an international consensus meeting
01-20, doi: 10.1136/gutjnl-2020-324000
【主编评语】国际IBD研究组织（IOIBD）在2020年11月召开了会议，形成了对IBD患者接种SARS-CoV-2疫苗的具体建议，并将相关建议发表在了Gut上：SARS-CoV-2疫苗对于IBD患者安全有效，IBD患者应该与正常人群一样尽早地接种SARS-CoV-2疫苗，但应避免接种活病毒疫苗。（@szx）
感谢本期日报的创作者：徐硕，爱的抉择，海盗船长，高压锅里的水母，菌菌君，szx，吴芹，湖人总冠军