跑个漂亮的 Caspase-3 结果图,真的那么难吗?

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凋亡过程中最重要的事件之一即是 caspase-3 的活化,但不少老师们检测不到 cleaved caspase-3,是什么原因呢?这种情况下我们该如何应对呢?该篇文章将展开分析。

划重点,Caspase-3 检测 7 大要点:

1.     合理的凋亡诱导处理方式:设置药物诱导时间和浓度梯度预实验,以确定特定细胞系中药物诱导 caspase-3 活化的最佳条件,并用 staurosporine #9953(1uM for 3hours)或 etoposide #2200(25 uM for 5 hours)处理 HeLa,NIH/3T3 或 C6 cells 作为 cleaved caspase-3 的阳性参照。

2.     贴壁细胞发生凋亡后会变得难贴壁,需离心收集所有的悬浮细胞。

3.     裂解样本过程中超声。

4.     足够的蛋白上样量:组织每孔 100ug,诱导的细胞每孔 20-30ug。

5.     16% 或 4-20% Tris-Glycine 胶检测 cleaved caspase-3。

6.     0.2um 孔径膜,湿转,70V(200-250mA)不超过 1.5 小时。

7.     表现优异的抗体。

正文

Caspase-3(CPP-32,Apoptain,Yama,SCA-1),半胱天冬酶家族成员之一,是凋亡的关键执行者,对许多关键的蛋白起着部分或全部的裂解作用,如核酶多聚(ADP-ribose)聚合酶(PARP)(1)及众多细胞骨架相关的蛋白、激酶以及 Bcl-2 家族中凋亡相关的蛋白等(2)。

Caspase-3 在肺、脾脏、心脏、肝脏、肾脏等中广泛表达,在大脑和骨骼肌中表达量稍低,在睾丸中表达量最低。同时在许多细胞系中都有发现 caspase-3 的表达,其中免疫相关的细胞中表达量最高(3)。但据报道,MCF-7 人乳腺癌细胞系中,因在 CASP-3 基因 exon 3 中存在 47bp 的缺失而不表达 caspase 3 蛋白(4)。

前体形式的 caspase-3 由一个前端功能区(prodomain)和一大一小两个催化亚单位构成。在特定的刺激比如配体受体互作、生长因子匮乏和细胞功能抑制剂等的作用下,未活化的酶原形式的 caspase-3 在 Asp-28/Ser-29(N 端功能前区)以及 Asp-175/Ser-176(大小亚基之间)被剪切活化,转变为活化的  p17 大亚基和 p12 小亚基片段。p17 和 p12 会二聚化,从而形成最终活化形式的 cleaved caspase-3(5,6)。

图一 Caspase-3 活化示意图(图片源自文献 Zhiyong Han et al. (1997) J. Biol. Chem. 272, 13432–13436)

凋亡过程中最重要的事件之一即是 caspase-3 的活化,因此 cleaved caspase-3 的检测是凋亡研究中的常用手段。但在以往的技术咨询中我们发现不少老师在检测 cleaved caspase-3 时遇到问题。经过大量数据总结我们发现,老师们之所以检测不到 cleaved caspase-3,最主要的原因还是样本中没有足够比例的凋亡细胞。这种情况下我们该如何应对呢?CST博士团队给您支个招,不妨翻翻实验记录,问问自己以下7个问题:

1.     我诱导凋亡的处理方式是否合理?

Cleaved caspase-3 仅仅存在于正在发生凋亡的细胞中,未发生凋亡,或已经坏死的细胞中是检测不到 cleaved caspase-3 的。因此,样本的诱导处理显得尤为关键。细胞系、诱导试剂的浓度、诱导的时间长短等,对最终发生凋亡的细胞数量及其中 cleaved caspase-3 的量都会产生很大的影响。所以,根据不同的细胞系,诱导试剂的浓度、诱导时间长短都需要进行适当的摸索。我们建议客户在检测到 procaspase-3 的前提下,做时间和浓度梯度预实验,以确定您的药物对您的细胞系的最佳诱导 caspase-3 活化的条件。CST 通常用 staurosporine #9953(1uM for 3hours)或 etoposide #2200(25 uM for 5 hours)处理 HeLa,NIH/3T3 或 C6 cells 作为 cleaved caspase-3 的阳性参照。

图二 使用 Caspase-3 Antibody 对未处理或经 Etoposide #2200 处理(25uM,5 小时)的 Jurkat 细胞,以及未处理或经 staurosporine #9953 处理(1uM,3 小时)的 NIH/3T3 细胞进行蛋白质印迹分析。(图源自CST Caspase-3 Antibody #9662 抗体说明书)

为什么所有的实验都要设置对照?无论是初高中刚接触生物学实验设计还是上研究生后发表 SCI 文章,老师们以及 reviewer 都会敲着 ‘黑板’ 强调强调再强调,每一个实验都必须有对照!因为设置适当的阴性、阳性甚至空白对照对于实验结果的准确、有效阐释至关重要!阅历丰富的老师应该和笔者一样深有感触:实验条件、样本类型之间生物学条件、试剂特异性甚至研究人员的差异都可能产生不一致的结果,导致不准确的结论。

2.     我的细胞系是贴壁细胞吗?

因为贴壁细胞在发生凋亡后,有可能会变得比较难贴壁,所以有必要通过离心收集所有的悬浮细胞,一并混到刮下来的贴壁细胞中一起裂解。

3.     在裂解细胞过程中我是否有超声?

CST 研发科学家做过对照试验,与不超声相比,超声能最大程度的/均一稳定的提取 caspase-3,得到更强的信号。因此,CST 科学家建议在加入 1X 细胞裂解液(稀释成 1X 的 Blue Loading buffer Pack #7722Red Loading buffer Pack #7723Cell Lysis Buffer (10X) #9803RIPA Buffer (10X) #9806)后、上样前对所有的样本进行超声处理。超声条件:在 35%-40% 的功率输出条件下破碎 3 次,每次 10 秒,各次之间间隔 10 秒,冰上操作。但不同的超声仪器有不同的性能,应根据生产商的建议进行个性化优化。如果您没有探头超声仪,也可用细的注射器针头反复吹打来破碎。

4.     我的蛋白上样量足够吗?

对于组织提取的蛋白,由于只有一小部分细胞可能会发生凋亡。因此,CST 科学家建议每个孔上样 100ug。而对于诱导的细胞系提取的蛋白,20-30ug 就足够了

5.     我用的跑胶条件合适么?

我们通常强烈建议用 16% 或 4-20% Tris-Glycine 胶检测 cleaved caspase-3(17, 19kDa)。如果是用 Bis-Tris 胶,最好用更适应于小分子量电泳的 MES 跑胶缓冲液,而不是 MOPS 跑胶缓冲液。

6.     我转膜用的膜孔径大小对么?

对于小分子量的靶标蛋白(比如 cleaved caspase-3),避免过转非常重要。我们推荐的转膜条件如下:0.2um 孔径膜,湿转,70V(200-250mA)不超过 1.5 小时。转膜液 25mM Tris,192mM Glycine,和 20% methanol。0.2um 的孔径能最大程度的减少转膜过程中小分子量蛋白的丢失。另外,也有文献表示,使用戊二醛固定 NC 膜 30min,能稳定 caspase-3 与 NC 膜的结合,从而促进 caspase-3 的检测(7)。

7.     我使用的抗体是最适合的么?

除了合理的样本诱导及优化的实验操作,选择表现优异的抗体尤其重要。但各大商家推出了各种不同货号的 caspase-3 抗体,老师们不禁要苦恼:我该如何选择我需要的抗体呢?

2018 “年度最高引用抗体品牌” CST 抗体公司建议您:通常情况下,做 WB 检测时,用既能识别全长 caspase-3(也就是非活性的 procaspase)又能识别剪切、活化 caspase-3 的抗体是更加明智的选择。因为这些抗体(如 CST 公司的 #9665 和 #14220)识别的抗原表位共同存在于全长的 procaspase-3 和 cleaved caspase-3 蛋白中,而检测全长的 procaspase-3 能作为一个好的抗体内部参照,在出现无法检测 cleaved caspase-3 时,帮你直观的判断是抗体出现问题还是剪切诱导方式需要优化。对于 WB 应用,我们一般优先推荐能同时检测全长和剪切形式的 caspase-3 抗体来进行 WB 检测。同时,cleaved caspase-3 特异抗体更适合需要在一群细胞中观察凋亡细胞的实验方法,如 IHC、IF-IC 和/或是 Flow。

WB检测更推荐

#

产品名称

应用

9665

Caspase-3 (8G10) Rabbit mAb

WB, IP

H, M, R, Mk

29629

Caspase-3 (8G10) Rabbit mAb (HRP Conjugate)

WB

H, M, R, Mk

14220

Caspase-3 (D3R6Y) Rabbit mAb

WB

H, M, R, Mk

9668

Caspase-3 (3G2) Mouse mAb

WB

H

9662

Caspase-3 Antibody

WB, IP, IHC

H, M, R, Mk

WB遇到问题?不妨试试caspase-3阳参吧

9663

Caspase-3 Control Cell Extracts

WB

2043

Jurkat Apoptosis Cell Extracts (etoposide)

WB

IHC 检测更推荐

#

产品名称

应用

9664

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (5A1E) Rabbit mAb

WB, IP, IHC, IF, F

H, M, R, Mk

9661

Cleaved Caspase-3 (Asp175) Antibody

WB, IP, IHC, IF, F

H, M, R, Mk

9579

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb

IHC, IF, F

H, M

12692

SignalStain® Apoptosis (Cleaved Caspase-3) IHC  Detection Kit

IHC

H, M

IHC遇到问题,不妨试试提供的阳性照切片吧

8104

SignalSlide® Cleaved Caspase-3 (Asp175) IHC  Controls

IFF检测更推荐

#

产品名称

应用

9602

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (Alexa  Fluor® 647 Conjugate)

IF, F

H

9603

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (Alexa  Fluor® 488 Conjugate)

IF, F

H

9669

Cleaved Caspase-3 (Asp175) Antibody (Alexa  Fluor® 488 Conjugate)

IF, F

H, M, R, Mk

8172

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (Alexa  Fluor® 594 Conjugate)

IF

H, M

9604

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (Alexa  Fluor® 555 Conjugate)

IF

H

9978

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (5A1E) Rabbit mAb (PE  Conjugate)

F

H, M, R, Mk

8788

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (Pacific  Blue™ Conjugate)

F

H, M

12768

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (D3E9) Rabbit mAb (PE Conjugate)

F

H

caspase-3相关的小包装抗体集合

#

产品名称

8202

PhosphoPlus® Caspase-3 (Cleaved, Asp175) Antibody  Duet

9929

Cleaved Caspase Antibody Sampler Kit

9915

Apoptosis Antibody Sampler Kit

9930

Apoptosis Antibody Sampler Kit (Mouse Preferred)

12675

Initiator Caspases Antibody Sampler Kit

12742

Procaspase Antibody Sampler Kit

92570

Apoptosis/Necroptosis Antibody Sampler Kit

8357

Stress and Apoptosis Antibody Sampler Kit

其他

#

产品名称

应用

9654

Cleaved Caspase-3 (Asp175) (5A1E) Rabbit mAb  (Biotinylated)

WB

H, M, R, Mk

14214

Caspase-3 (D3R6Y) Rabbit mAb (IHC Formulated)

IHC

H

1050

Cleaved Caspase-3 (Asp175) Blocking Peptide

WB, IHC

H

5723

Caspase-3 Activity Assay Kit

7190

PathScan® Cleaved Caspase-3 (Asp175) Sandwich  ELISA Kit

H

7105

PathScan® Apoptosis Multi-Target Sandwich ELISA  Kit

H, Mk

6520

SignalSilence® Caspase-3 siRNA II

H

6466

SignalSilence® Caspase-3 siRNA I

H

您若有其他自己总结的比较好的实验经验,欢迎留言或联系我们分享。

【参考文献】

(1)    Fernandes-Alnemri,T. et al. (1994) J Biol Chem 269, 30761-4.

(2)    Feng Y. et al.(2005) Int J Oncol. 27(3):699-704.

(3)    http://www.uniprot.org/uniprot/P42574.

(4)    Janicke RU et al. (1998) J. Biol. Chem. 273:9357–9360.

(5)    Nicholson,D. W. et al. (1995) Nature 376, 37-43.

(6)    Tewari M, et al. Cell 81: 801-809, 1995.

(7)     Notes & Tips / Anal. Biochem. 415 (2011)203–205

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