付款人与中标人不是同一人行否？

我们是一事业单位，其中有一园区的经营点进行招标，由A公司中标，之后由B公司付款给我们，发票也要开给B公司。A公司与B公司同属一个法人，这样做法可以吗？

针对上面的问题，我们在与一些单位详细的沟通过程，有一单位在前几年出现过类似情况：中标单位名称与付款单位名称不一样，后来在主管部门牵头的审计中发现了这事，然后让本园区的管理者进行整改，财务还受到批评！