miRcode：转录组miRNA靶点预测图谱
导语
microRNA在细胞中的功能与作用的研究已经相对完善，而长链非编码RNA功能是多种多样的，作为细胞生理作用的重要的调控因子，对于他们的研究才慢慢开始重视。少量的研究小RNA与长链非编码RNA之间相互作用表明，lncRNA可以作为抑制作用decoys(分子诱饵)或者miRNA的调控性的靶标起作用。但是这种作用仍然研究甚少。为了有利于相互作用，来自瑞典哥德堡大学的研究人员，开发了一种图谱工具miRcode:一种可以搜索的网页工具来预测miRNA靶点。
瑞典哥德堡大学生物医学研究所成员
miRcode
http://www.mircode.org/index.php
miRcode-基于全面的GENCODE基因注释，提供了“整个转录组”人类microRNA靶标预测，覆盖完整的GENCODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA，转录本注释来源于Gencode v11版本，并将转录本划分成了不同类别，示意如下：
miRcode还涵盖了编码基因，包括非典型区域，例如5'UTR和CDS。MicroRNA家族的定义和名称与TargetScan一致，对46种脊椎动物物种评估了遗址保护。miRcode与TargetScan相比，主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。
Intergenic lncRNA表示和蛋白编码基因区间没有重叠的lncRNA, Overlapping表示和蛋白编码基因区间有重叠的lncRNA；other代表tRNA，snoRNA等类型的RNA。在预测miRNA结合位点时，采用的是TargetScan v6定义的miRNA family, 同一个family下的miRNA具有相同的结合位点类型。
使用miRcode查询miRNA靶点预测过程很简单，只要输入目标基因信息然后提交即可。比如，在Gene (symbol/accession)和MicroRNA family处输入目标基因，然后选定Gene clas、Site conservation、Transcript region，点击search sites呈现结果如下：
结果中保守性分为灵长类动物、哺乳动物、其他版本，这是根据46个脊椎动物的比较基因组学结果，定义了结合位点在不同物种间的保守性，并划分了不同类别。这里共展现16个匹配站点。结果还提供了结合位点在转录本上的分布信息，将转录本划分成了3’UTR, CDS, 5’UTR等区域；最后根据结合位点附近是否有重复元件，提供了repeat相关的注释。
点击表头ENSG00000121410.6会出现UCSC的基因组信息相关的内容。
也可以点击Seed position查看其在基因组信息，如下：
最后可以根据基因类别，结合位点保守性以及在转录本上的分布对结果进行过滤和筛选。
miRcode数据库的内容也是可以下载的，用户可下载预测文件以及BED数据库，提供>高度保守性的microRNA家族和->中等保守性的microRNA家族两种类型下载，如图：
使用miRcode数据库的温馨提示：
对单个转录物进行位点预测，然后将其汇总为单个基因的非冗余集。这样可以识别跨接点。
“区域”列指示该位点是否位于基因的3'UTR，CDS或5'UTR中。可能会出现区域分配不明确的情况（不同的转录本异构体中的不同区域）。在这种情况下，指示了几个区域（例如“ 3pUTR，ncRNA”）。非编码RNA或编码基因的非编码剪接形式中的位点在此列中显示“ ncRNA”。
MicroRNA家族名称遵循TargetScan命名法，因为它们已被广泛使用。
种子匹配类型的Dito：7-mer-A1是6-mer匹配，在靶序列中侧翼为腺苷，与microRNA的5'-最碱基互补。
7-mer-m8仅仅是7-mer互补种子匹配，但是为了与TargetScan保持一致，我们使用此名称。
8聚体是7聚体，侧翼是腺苷。
所有位点位置均指microRNA的5'端。
重复列表示种子与RepeatMasker定义的重复区域（例如Alu）重叠。