OSCA单细胞数据分析笔记-1—开篇

对应原版教程1-2章 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/

一、关于OSCA

1、教程内容

  • 这个系列教程详细的梳理、总结了单细胞测序数据分析的常规流程以及常用的R包。
  • 作者希望读者从这套教程中不仅能够掌握单细胞数据分析知识点，而且能够get到分析测序数据或者说生信数据的基本思路。

2、章节组成

  • 1~4章介绍了分析前的准备工作与基本技能；
  • 5~24章详细、全面的介绍了分析scRNA的各个环节；
  • 25~42章是结合不同类型scRNA-seq数据，实战演练分析流程。

3、作者

  • 本系列教程作者为Robert Amezquita [aut], Aaron Lun [aut, cre], Stephanie Hicks [aut], Raphael Gottardo [aut]四位学者；

  • 教程的主要分析流程，作者团队在这篇paper中也有介绍：Amezquita, Robert A et al. “Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor.” Nature methods vol. 17,2 (2020): 137-145. doi:10.1038/s41592-019-0654-x https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7358058/

4、小提示

  • 关于原版教程，可直接访问 http://bioconductor.org/books/release/OSCA/。个人觉得英文要求不是很高，较通俗易懂；
  • 用到的R版本为4.0以上。4.0以下的R，在之后可能会遇到一些问题(我之前就遇到过)；
  • 本教程使用的主要是SingleCellExperiment(sce)对象，而非Seurat包里的Seurat对象，尽管后者也很常用。

作者谦虚、严谨地表示本教程用到的R包并未包括所有scRNA-seq分析包，并且并不能说本教程的流程一定是符合读者手里的测序数据的最佳pipeline。但希望读者在阅读笔记之后，也能够学到如何使用一个新的R包，如何根据自己的实际数据调整流程、参数等。

二、关于笔记

  • 我是一个刚接触生信不久的学生--小贝。希望通过总结上述教程的阅读笔记，对单细胞数据分析有一个系统的学习；
  • 在笔记中，会力求简明扼要的归纳章节知识点，并且适当加入自己的理解。示例代码会在linux命令行的R里运行实操。若涉及到统计原理、生信基础等知识点可能会再专门学习总结。
  • 写这个笔记在时间为2021年3月20日，参考的当前OSCA版本(1.0.6)参看上图。目前设置目标是一周至少更一章，希望自己能够坚持学完。
  • 最后一句话共勉：站在巨人的肩膀上看世界，学生信！
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