技术贴 | 宏转录组专题 | DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载

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导读

DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA 数据库之一。DDBJ由日本研究机构于1983年建立。DDBJ数据库不仅已经收录了20多万个研究的600多万样本的测序数据，而且现在还保持每日更新。

DDBJ数据库地址：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html 

DDBJ数据库收录的数据有：

人、动物、植物、土壤、水体等样本的基因组、转录组、表观组、外显子组、宏基因组、宏转录组等多组学数据。

 

 如何从DDBJ中获取宏转录组测序数据？

1从宏转录组研究的文章中找到DDBJ DRA编号，例如：

2打开DDBJ数据库，点击进入Sequence Read Archive (DRA)。

3点击进入Search。

4在Accession中输入DRA编号（例如：DRA006303），点击Search。

5点击进入FASTQ目录，右键鼠标获取DRR110568_1.fastq.bz2和DRR110568_2.fastq.bz2的下载链接。

 6在linux环境中下载，解压fastq文件。

下载

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA006/DRA006303/DRX103657/DRR110568_1.fastq.bz2 &

wget ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/dra/fastq/DRA006/DRA006303/DRX103657/DRR110568_2.fastq.bz2 &

解压

bzip2 -d DRR110568_1.fastq.bz2 &

bzip2 -d DRR110568_2.fastq.bz2 &

这样我们就获得了两个样本的宏转录组测序的fastq文件。

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