油茶种子的全长转录组

Full-Length Transcriptome from Camellia oleifera Seed Provides Insight into the Transcript Variants Involved in Oil Biosynthesis
油茶种子的全长转录组为深入研究涉及油生物合成的转录变体提供了见解
*JAFC

油茶（Camellia oleifera Abel。）属于茶科（Caceaceae）的茶属，已被广泛用作食用油，润滑剂和化妆品。由于复杂的多倍体化和庞大的基因组，所以参考基因组信息仍然缺乏。基于转录组数据的基因模型的系统表征是油茶的一种快速而经济的方法。进行了Pac-bio的单分子长读同工型测序（Iso-Seq）和Illumina RNA-Seq结合气相色谱的研究，以探索油茶种子在五个不同发育阶段的生物合成，积累和全面的转录组分析。我们报告的C.oleifera种子的第一个全长转录组数据集，包含40,143个多余的高质量同工型。在这些同工型中，有37982个被功能注释，其中271个（2.43％）属于脂肪酸代谢。总共获得了8,344个全长独特的转录本模型，其中8,151个（97.69％）产生了两种以上的同工型，表明油茶种子的转录组复杂度很高。总共确定了783个替代剪接（AS）事件，其中保留的内含子最多。我们还获得了1,910个长的非编码RNA（lncRNA），并发现AS事件在这些lncRNA中发生。还研究了涉及石油生物合成的基因的潜在转录变异体。在执行加权相关网络分析之后，我们发现了七个“基因模块”和每个模块的中枢基因，它们与油含量显着相关。群集的系列测试根据基因表达模式将这些模块分为四个重要的概况。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析表明，上调的WRI1与17种编码酶的基因相互作用，这些酶在石油合成中起关键作用。 MYB和ZIP转录因子也显示出与参与油合成的关键基因的显着相互作用。总的来说，我们的数据提高了种子在不同发育阶段的RNA同工型多样性的知识，并为油茶的油合成功能研究提供了丰富的资源。