单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium? / 四六文摘

回顾单细胞RNA-seq分析介绍 Bulk vs scRNA-seq Bulk vs scRNA-seq.png Bulk RNA-seq : 它测定的是一个大的细胞群体中的每一个基因的平均表达水平 ...

传统的基因表达研究,从芯片到RNA测序,无不依靠数百万个细胞才能开展.然而,考虑到细胞群体的异质性,这种简单的平均值当然无法满足科学家的需求.不同类型的细胞采用独特的基因组合来表达蛋白质,即使是同一类 ...

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步.不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,一起成长. 文献速递栏目通过简 ...

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在前面的<浅谈流式细胞仪的工作原理和应用>一文发布以后,小编发现有好学的热心盆友留言要求出一期单细胞测序的文章,那么我们今天就给大家介绍点与单细胞测序相关的知识. 单细胞测序一直是科学家关 ...

在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为"实验室中的家常菜".若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RN ...

空间转录组学技术自斩获了 Nature Methods 2020 年 "年度技术" 以来,引起更加广泛的关注.这种技术结合了成像和测序技术,能够绘制组织上特定转录物存在的位置,从而 ...

Smart-seq2和10x这两个单细胞技术是现在初学者进入单细胞领域最需要掌握的,它们代表着单细胞的两个全然不同的发展策略. 绝大部分的技术原理介绍会从单细胞悬浮液制备到测序细节面面俱到,其实并不 ...

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众所周知,测序数据单端测序就是一个fq文件,双端测序就2个.但是呢,10X的单细胞转录组原始数据的话, 比较特殊,它的测序文库中包括index.barcode.UMI和测序reads. 首先,1-26 ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

总是有粉丝在我们的各个公众号教程下面留言关于单细胞数据处理的细节问题,比如为什么我们过滤线粒体基因表达量超15%的细胞啊,为什么看核糖体基因表达量占比啊等等. 其实看一下基础10讲: 01. 上游分析 ...

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离.扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因 ...

其官网公布了非常多的数据集: https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets 只需要简单填写邮箱即可下载,如下 ...

未知的东西总是让人害怕,即使是花时间看他人做过一遍也好过踟蹰不前,请看好: 首先需要10x仪器出来的fastq数据这个可以看前面的教程:10X genomics单细胞数据集探索列出了非常多的官网教 ...

在华为云服务器可以重现这个分析流程,16核64G内存,不考虑数据下载环节,5天即可完成文章全部分析环节. 背景自学最先在生信技能树有过一些教程: 10X genomics单细胞数据集探索 10x的单 ...

看到一篇最新研究,题目是:Targeting Degradation of the Transcription Factor C/EBPb Reduces Lung Fibrosis by Resto ...

单细胞转录组：Smart-seq 2还是10X Genomics Chromium?