新版Pubmed最全实用教程（超全收藏版）

PubMed 是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学，但亦包括其他与医学相关的领域，像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援，像是生化学与细胞生物学。该搜寻引擎是由美国国立医学图书馆提供，作为 Entrez 资讯检索系统的一部分。PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文，但可能提供指向全文提供者(付费或免费)的链接。
PubMed是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括:DNA与蛋白质序列，基因图数据，3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线，也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等。
PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。提供原文获取服务免费提供题录和文摘，可与提供原文的网址链接，提供检索词自动转换匹配，操作简便、快捷。
Pubmed最近也是改头换面了，为了能够帮助大家快速熟悉上手新版Pubmed，我们这里进行了常用功能的总结，供大家参考。
首页是这样的：

目录

  • 基本检索

  • 高级检索

  • Mesh主题词检索

  • 常用检索技巧

  • 如何让Pubmed自动发送最新文献

  • 如何使用Pubmed直接复制黏贴参考文献


基本检索
基本检索是PubMed最常用的检索方式。
在PubMed基本检索框中输入检索词，点击Search即可检索文献。
比如在检索框中直接输入septic shock，点击检索。
结果显示界面如下，中间主体内容为检索获得的文献，左侧主体内容为Pubmed自带或者你自己自主设置的过滤器。页面右侧顶端为检索获得文献的排序方式。
高级检索
点击高级检索后出现如下页面，主要包括3个部分，相信大家一看就懂，一个是可下拉式选择过滤器的检索方式（1）；一个是自主书写检索式的检索方式（2）；一个是进行联合检索以及保存检索式的地方（3）。
第一个检索方式如下，选择好相应的过滤器后，输入检索词，然后点击右侧逻辑词，就会出现在下方的query box里面。
然后你可以点击右侧的search或者添加至历史。
历史检索框这里，你可以点击Actions进行检索式组合，删除，或者保存。
你还可以点击Details查看检索式的具体情况，这对于书写meta分析检索策略至关重要。
Mesh主题词检索

  • 主题词检索也是PubMed常用的检索方式。主题词检索一般包括主题词和副主题词两部分。

  • 首先在进行主题词检索前，我们需要知道什么是主题词，什么是副主题词，以及从哪里可以查询主题词。

主题词是将文献研究的主要论点概括成(标引)一个或多个规范化的语词。

副主题词是对主题词的某一特定方面的限定，具有专指性。在进行主题词检索时可以根据需要添加副主题词，可以添加多个，也可以不添加。

主题词在哪里查看？在PubMed检索框右下角点击MeSH Database进入主题词数据库。

输入检索词，点击搜索，即可进入主题词结果界面。
点击sepsis后，进入主题词界面，在这个界面可以查看副主题词以及该主题词的其他信息。
在下图，我们还可以查看该主题词相似词汇，均可以作为关键词进行同时检索。
我们可以选中多个副主题词，也可以不选择，点击生成检索式，在点击下面的检索，即可检索文献。
如下图，我们选择sepsis作为主题词，选择diagnosis和treatment作为副主题词，使用OR逻辑词连接，检索相关的文献。
常用检索技巧
布尔逻辑算符：and、or、not
截词算符：*、？
位置算符：(W) 、(N) 、 NEAR、PRE…
（一）布尔逻辑算符
1.逻辑“与”（AND或*）：是指两个概念的交集。
A AND B 或A*B表示检出同时含有A、B两个检索词的记录。
2.逻辑“或”（OR或+）：是指两个概念的并集。
A OR B或A+B表示检出所有含有A词或者B词的记录。
3.逻辑“非”（NOT或—）：表示从两个概念中除去交叉的部分。
ANOTB 或A-B表示检出含有A词，但同时不含有B词的记录。
逻辑算符的优先级为：NOT>AND>OR
注：如想改变运算先后顺序，可以使用括号，逻辑算符的优先级为（）>NOT>AND>OR
（二 ）截词符
截词，是指在检索词的适当位置截断。截词检索就是用截断的词的一个局部进行的检索，并认为凡满足这个词局部中的所有字符（串）的文献，都为命中的文献。
截词检索是一种提高查全率，防止漏检的检索技术，尤其在  英文检索 中被广泛使用。
常用的截词符有两种：
“*” 表示截断无限个字符，即无限截断；
“？”表示截断一个字符，即有限截断。
（二 ）位置符
with：A（W）B
表示其两侧的检索词必须按前后顺序出现在记录中，不能颠倒，且两词之间不允许插入其他词，只可能有空格或一个标点符号。
near：A（N）B
表示其两侧的检索词前后位置可以颠倒，在两词之间不允许插入其他词，只可能有空格或一个标点符号。
如何让Pubmed自动发送最新文献
第一步     注册 PubMed     PubMed 是可以免费注册的，注册后即可享用很多个性化的服务，其中最重要的一项服务就是主动为自己推送最新文献。如果个人还没有注册，进入 PubMed 界面上可见右上角显示为：“Sign in to NCBI”。注册 PubMed 的第一步就是点击“Sign in to NCBI”，之后可以进入注册 界面。点击左下角的 Register for an NCBI account，可以进入设置参数 的注册界面。在这个注册界面中，个人根据注册提示填写相应内容即可。需要特别注意的是，PubMed 会默认填写的邮箱地址为今后接收推送文章的邮箱。填写完毕后就可以登录 PubMed了，登陆后的界面右上角变成：你的用户名。
第二步 保存检索式和设定推送方法在 PubMed 检索时，我们将检索式设定为：'sepsis' AND 'resuscitation'，表示所有与脓毒症复苏相关的文章，检索界面见下图1。这里需要说明的是，在本例中，笔者使用的是自由词检索，这种检索方法有时并不是十分准确。实际上，检索词的制定可以根据个人习惯来制定，其中可以设定多个布尔逻辑运算、截词检索、主题词检索、限制字段检索等方式。完成检索后，点击检索框下面的Create alert，可以进入图 2 界面。

图1
图2
下面笔者简要介绍这个菜单中每个选项的意思：

  • Name of search：即检索结果的名称，默认的名称是检索式，但是可以根据个人习惯更改。例如在本例中，笔者就将检索结果命名为 “ sepsis AND resuscitation ”。

  • Search terms：是指自己的检索式，一般不需要更改。

  • Would you like E-mail updatesof new search results：默认的选项是 No，Thanks。此处一定要更改为Yes，please。

  • E-mail：即 当 有 新 的 文 献 时，PubMed 需要将内容推送至的邮箱。该邮箱一般默认为注册邮箱。当然，个人也可以根据自己的习惯更改邮箱。

  • Schedule：表示推送频率，一般建议选择 daily，即每天推送。需要说明的是，如果没有文献更新，PubMed当天不会推送相关内容。

  • Format：即 推 送 格 式， 一 般 选择 Summary， 即 只 推 送 标 题、 杂 志名、作者等内容。当然，也可以选择Medline 格式，此时会推送摘要。

  • Number of items：这个比较关键，即每次推送的条目数，一般建议设置为 200（即最大值）。如果设置为 5 条，而当天 PubMed 有 10 条更新，则其只会推送前 5 条。因此建议设置为最大。

  • 设置完成后，点击 Save，即完成了推送的相关设置。此后，一旦有相关的更新，PubMed 会在 24 小时内向订阅者的邮箱发送相关文献。如果想退订相关内容，直接点击邮件中的 Unsubscribe 即 可。当 然，也可以通过 PubMed 中的 My NCBI 进行退订。

如何使用Pubmed直接复制黏贴参考文献
曾几何时，我们写作论文，整理申请材料，制作个人简历时，在添加参考文献或者添加自己发表的论文时，均是在谷歌学术、百度学术检索，然后点击“引用”复制黏贴就可以，有时确实是非常方便的，如下操作：
但是我们最常使用的Pubmed老版是这样的“空空如也”，在老版Pubmed里面确实没有可供直接生成，然后复制黏贴的功能。以前我们在不是大批量操作时，甚至会按照相应的格式进行一一复制，例如先复制作者名字，然后复制期刊名字，以及卷号，期号，页码等等。
但是新版的Pubmed对此进行了改进，在检索得到文献后，下方出现了“Cite”选项，点击之后可以进行如下操作，直接复制；下载；更改格式。当然这里提供的格式也是有限的，提供了APA,AMA,MLA,NLM四种。至于这四种引用格式有什么区别，可见如下表格：
后记：本推文提供的新版Pubmed参考文献格式，一般适用于参考文献个数相对较少的情况，对于需要大批量处理的参考文献，例如撰写论文时，不仅所需要的参考文献数量较多，而且在后期的修改过程中，前后顺序可能是需要更改的，我们还是不建议使用这种方法，还是推荐使用文献管理工具的，例如ENDNOTE等。
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