茶叶中磷脂酶D（PLD）基因家族的鉴定、进化、表达分析

Identification, evolution, expression analysis of phospholipase D (PLD) gene family in tea (Camellia sinensis)

磷脂酶 D (PLD)在植物生长、发育和对环境胁迫的响应中起着重要作用。茶树是世界上最重要的对健康有益的非酒精饮料，但茶叶产量会因寒冷和干旱等环境压力而下降。因此，进行了 C. sinensis PLD 基因家族 (CsPLDs) 的全基因组分析。在目前的研究中，CsPLDs的鉴定、进化关系、重复、选择压力、基因结构、启动子分析、转录靶向miRNA、简单序列重复标记预测、RNA-seq数据分析、三维结构等方面进行了研究。使用生物信息学工具。从茶叶基因组中鉴定出 15 个 PLD，分为 CsPLDα、CsPLDβ、CsPLDδ、CsPLDε 和 CsPLDζ 五个组别。CsPLD 基因家族中发生了片段和串联重复。重复最多的基因对的 Ka/Ks 比率小于 1，这意味着在茶进化过程中进行负选择以保护其功能。在 CsPLD 中发现了 68 个顺式元件，表明这些基因对环境压力存在响应。同样，在 14 和 15 个 CsPLD 中检测到 72 个 SSR 位点和 96 个 miRNA 分子。根据RNA-seq数据，在各种非生物胁迫下所有组织中的最高表达基因是与CsPLDα1有关。此外，还评估了 CsPLDα1 的三维结构以更好地了解其生物活性。这项研究提供了全面的信息，可用于未来开发抗逆茶的研究。