明代南京教案
（一）导因——中国传统信仰与天主教教义的冲突
中国传统文化怎么会被冲击？民众对宗教的观念史什么？
首先，罗明坚、利玛窦等并未真正了解中国各阶层对宗教的传统观念。他们曾被哪些接近自己的一些仕宦、学者的精神状况所感动，但事实证明，这些人对于任何教义都采取同样的态度，对于超物质的领域，根本无诚笃的信仰。
其次，基督教输入中国的历史来考察，它的传入，使中国传统文化受到了冲击。其表现使：
第一，中国有祖宗崇拜的习惯，各阶层人民都把祖宗放在第一位。
第二，中国自信文化极高，视中国以外的民族的文化水准皆甚低下，所以有“用夏变夷，未闻变于夏”的自尊。不但对基督教由此态度，反对佛教的理由也大多出于“戎狄是赝”这一点。
第三，中国人民的思想浸润于儒、佛教义之中，历时已久，一以纲常礼教为伦理的中心，一认三世因果为社会的信仰。而基督教所主张的自由平等，却给予儒教以打击；所主张的现世生活，予佛教以难堪；其抨击偶像反对迷信等，皆是动摇如佛两教的地位。
第四，中国乡村生活中，每以迎神赛会为唯一的娱乐与乡谊团结的象征，并认为这是人们对社会的责任。而信奉基督教的人反对参加此种活动，认为此举是破坏团体生活的不良行为。
第五，中国的伦理，以孝顺父母为中心，养生葬死，是子女的唯一义务。
第六，中国人对于宗教信仰，一向抱宽容态度，一个人往往可以信仰几种不同的宗教，既信儒，又信佛、道。而佛教又能迎合固有的儒学，变更其性质。基督教为保持其独特本质的纯洁性，不肯有丝毫迁就，对中国固有的宗教习惯，一概予以排斥。因而人们把基督教视为固有宗教的破坏者。
第七，基督教自身也给人以怀疑之点。最可指责的就是宗派的分歧。各派教士之间往往互相攻击。
明清的教案并不具有反对外来侵略的色彩，更多的是特殊的民族心理所造成；加上欧洲人的习惯不同，种族不同，在有着数千年特殊文化的中华民族眼中，自难免有干戈歧视之处。
（二）沈榷反教奏疏与万历逐教
南京教案是有沈榷的奏参所引起的。他是浙江吴兴人，以礼部侍郎署南京礼部尚书职，他以崇正学，黜异端，严华夷之禁为根据，力争排斥天主教。奏参标题是《远夷阑入都门暗伤王化》。他说的王化就是儒家文化。
沈榷禁止天主教的理由，主要有：西方教士散处中国，时有窥伺之嫌，当禁着一；西士劝人但奉天主，不可祭祀祖宗，是教人不孝，有背中国明教，当禁着二；西士私习历法，有乖律例私习天文之禁，恐创为邪说，混乱听闻，当禁着三；西士劝人信奉夷教，擦圣油，洒圣水，聚男女于一室，易败风俗，乱纲纪，当禁着四。
沈榷抓住祭祀祖宗问题攻击传教士，在当时最能引起一些人的共鸣。因为中国几千年祭祖的习惯，是儒家教孝的要道，一般反对基督教的理论中，都以这点作为重要理由。
徐光启勇敢的承认自己是基督教信徒，并且证明这些教士都是有德有学之人，他们到中国来无非是劝人为善，绝无阴谋。进一层说到他们所传之道，不但高出佛道二教，而且与儒学道德相符合，希望朝廷能本容纳佛回之例，容纳他们。
当时万历皇帝虽不相信沈榷的话，可经不起哪些仇教人的一再陈诉。
南京教案之后，教士传教活动不敢公开，仅能暗中进行。但后来，竟出现了明廷宽容、甚至求助于传教士的事情，故使天主教在明朝最后数十年间再度盛行起来。
总结这一段的历史：
我们若是比较明清之前的传教核心便会发现传教背后的国家力量的潜伏。科学技术尚未发达的欧洲中世纪，也曾有众多不同国籍的传教士涌入中国，在为基督教而献身的精神支配下，其中绝大多数来是进行宣教的，是为例要宣传他们认为是无比正确的基督教教义的。他们服从的对象是耶稣基督，而不是本国的政治和政权。当时的欧洲各国都是基督教国家，这种政教合一的性质，加固了东来的传教士们为基督教献身的精神。
欧洲地理环境和民族融合的缘故，种族和国家的观念在民众心中并不强烈，尤其是整个欧洲各国之间在王位继承上，经常打破国籍的界限，因而使得国家的观念和形象在民众心中越发模糊。
那时的欧洲处在资本原始积累时期，资产阶级也仅仅是在经济上强大，还没有能力把处在没落、腐朽的封建制度彻底打碎，这一任务是在十九世纪中叶，伴随着产业革命的深入，殖民和垄断成了资本主义的特殊象征才完成的。
为了达到东来宣教的目的，传教士自然设法使他们的教义变为中国人所能接受的哲理。这也是他们初来中国，屡屡受到帝王、权臣、士子文人的欢迎。
那么早来的传教士在中华文化上做出了卓越的贡献，为什么到明清屡屡出现教难呢？
首先，中国自古以来，一向抱着自守主义。在历史上，尤其是在盛唐时期，虽也有欧亚交通的踪迹，然而外国哲学思想、学术思想的输入甚是微薄。而从传统的文化和民族心理来看，中国是世界上开化最早的国家之一，文明制度粲然可观，因而，自尊心理始终占据着统治地位。
其次，正如本书正文中所说的那样，几千年来的中华正统思想，是儒家思想，所有的纲常伦理无不以孔孟为核心，这种“天地君亲师”的正统思想，一旦受到外来的冲击，必然产生抵牾。
第三，封建帝王极其统治阶级恐外来思想会动摇封建的“忠君”统治术，因而，对于主张只能信仰耶和华——神的基督教，大多数帝王是从政治的需要加以排斥。
第四，为了使自己能够在中国立住脚跟，早期的传教士多是尽量的使用天主教教义儒学化，以适应封建统治者的需要，也赢得了部分君王及统治阶级的青睐。
总之，早期基督教传教士绝大多数是虔诚甚笃的基督徒，仅有一小部分人是带着“淘金”目的东来中国。