R语言学习系列之“多变的热图”
咱公众号也不能只做一个系列，所以经过深思熟虑，打算将来慢慢增加一些内容，主要有以下几个系列TCGA数据分析系列GEO数据分析系列"老板给一个基因，我该怎么办"系列文献阅读系列R语言学习系列Python学习系列
前段时间我们更新过一篇推文热图系列1，隶属R语言学习系列，今天我们继续热图系列2导入数据library(pheatmap)TEST=read.csv("TEST.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)绘制默认热图pheatmap(TEST)
归一化我们的示例数据基因差异很明显，而且没有离群值，当有一个极大值的时候，就不会有这样的效果，比如TEST1=TESTTEST1[1,20]<-1000pheatmap(TEST1)
这样完全看不出差异了，所以这个时候需要对数据进行标准化#scale = "row"参数对行进行归一化#clustering_method参数设定不同聚类方法，默认为"complete",可以设定为#'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'pheatmap(TEST1,scale = "row")#按照行进行均一化
这样就可以看清基因表达之间的差异了聚类pheatmap(TEST1,scale = "row",clustering_distance_rows = "correlation")#表示行聚类使用皮尔森相关系数聚类，默认为欧氏距离"euclidean"
#可以对行，列聚类，cluster_row行 ,cluster_col列pheatmap(TEST,scale = "row",cluster_row=T,cluster_col=T)
设定cell 的大小pheatmap(TEST, cellwidth = 10, cellheight = 5, fontsize = 10)#宽10，长5，字体大小10
设定 text#display_numbers = TRUE参数设定在每个热图格子中显示相应的数值，#number_color参数设置数值字体的颜色,#fontsize_number设置数字的大小pheatmap(TEST, display_numbers = TRUE,number_color = "black",fontsize_number=6)
#设定展示条件pheatmap(TEST, display_numbers = matrix(ifelse(TEST > 6, "*", ""), nrow(test)))#图8#展示大于6的为*
设置 legend#legend_breaks参数设定图例显示范围，legend_labels参数添加图例标签pheatmap(TEST, legend_breaks = -3:3)
#也可以去掉legendpheatmap(TEST, legend= F)
设定 color#自定义颜色 colorRampPalette pheatmap(TEST, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100))
每一种颜色在R里面都有代码，如下图，我们可以不断的尝试直到画出自己满意的
颜色代码网址：https://www.114la.com/other/rgb.htm设置边框# border_color参数设定每个热图格子的边框色# border=TRIUE/FALSE参数是否要边框线pheatmap(TEST, border=FALSE)#不要边框
设置注释#生成列的注释colnames(TEST)annotation_col= data.frame(Type=factor(c(rep('cancer',10),rep('normal',10))))rownames(annotation_col) =colnames(TEST)#画图pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col)
设定gappheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_row = 25,cluster_rows = FALSE)
pheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_col = 10,cluster_cols = FALSE)
pheatmap(TEST,scale = "row", annotation_col = annotation_col,gaps_col = 10,cluster_cols = FALSE,gaps_row = 25,cluster_rows = FALSE)
展示行或者列的labellabels_row = c("gene1", "", "", "","", "", "", "","", "", "", "", "","", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "","", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "", "gene50")pheatmap(TEST, annotation_col = annotation_col, labels_row = labels_row,cluster_rows = FALSE)
自己又只做了一个数据，得到下面的图library(pheatmap)TEST=read.csv("中国加油.csv",sep = ',',header = T,row.names=1)pheatmap(TEST,cluster_cols=F,cluster_rows=F,show_colnames=F,show_rownames=F,legend = F)
下面是pheatmap包常见的函数color表示颜色，赋值渐变颜色调色板colorRampPalette属性kmeans_k绘制热图的行聚类数，如果是NA，那么行不会聚类scale表示值均一化的方向，或者按照行或列，或者没有，值可以是"row", “column” 或者"none"cluster_rows表示进行行的聚类，值可以是FALSE或TRUEcluster_cols表示进行列的聚类，值可以是FALSE或TRUEclustering_method表示聚类方法，值可以是hclust的任何一种，如"ward.D",“single”, “complete”, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”border_color表示热图上单元格边框的颜色，如果不绘制边框，则使用NAcellwidth表示每个单元格的宽度，若选择NA则表示适应窗口cellheight表示每个单元格的高度，若选择NA则表示适应窗口cutree_rows基于层次聚类（使用cutree）划分行的簇数（如果未聚集行，则忽略参数）cutree_cols基于层次聚类（使用cutree）划分列的簇数（如果未聚集行，则忽略参数）treeheight_row行的树的高度,treeheight_col列的树的高度legendTRUE或者FALSE，表示是否显示图例legend_breaks设置图例的断点legend_labelslegend_breaks对应的标签例annotation_row行的分组信息annotation_col列的分组信息annotation_colors用于手动指定annotation_row和annotation_col track颜色的列表annotation_legend是否显示图例的名称annotation_names_row是否显示行注释的名称annotation_names_col是否显示列注释的名称show_rownames是否显示行名show_colnames是否显示列名main图的名字fontsize图的字体大小fontsize_row行名的字体大小，默认与图的字体大小相同fontsize_col列名的字体大小，默认与图的字体大小相同angle_col列标签的角度，可选择 (0, 45, 90, 270 and 315)display_numbers表示是否将数值显示在热图的格子中number_format设置显示数值的格式，较常用的有"%.2f"（保留小数点后两位），"%.1e"（科学计数法显示，保留小数点后一位）number_color设置显示内容的颜色fontsize_number设置显示内容的字体大小labels_row代替行名的自定义标签labels_col代替列名的自定义标签na_col缺失值的颜色