8分转录因子文章的经典研究套路
转录因子作为非常重要的生物学调节因子，通过结合特异性DNA序列控制遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率的蛋白，转录因子可通过修饰（甲基化、去甲基化、乙酰化、去乙酰化等修饰）与启动子进行互作结合调控，产生促进或是抑制的效果。
在转录因子的研究当中，已经有许多的套路模板可以沿用。今天小编为大家带来的就是转录因子经典调控研究中的一种。这篇文章讲的是转录因子TFAP4在肝癌当中的促进作用，发表在Theranostics 上，影响因子8分左右。
为了探讨TFAP4在HCC的作用，作者首先在公开的HCC数据集(TCGA癌症基因组图谱)中分析了HCC样本和正常对照之间的TFAP4基因表达。与癌旁组织相比，HCC组织中TFAP4基因的表达显著升高。TFAP4 mRNA表达与无复发生存率和总生存率呈负相关。在临床中使用197个原发HCC组织(134个无复发的原发HCC标本和63个治疗后复发的原发HCC标本)进行IHC染色。TFAP4在HCC复发组织中的表达明显高于原发组织。
结论：这些数据表明TFAP4的上调有助于复发，并与HCC预后较差相关。
GSEA在公开的HCC数据集(TCGA)上一致显示，TFAP4表达与干细胞特征呈正相关。q-PCR显示干细胞相关标记的基因水平，在TFAP4转导的细胞中显著上调，相反在TFAP4敲低的HCC细胞中下调。之后进行了干性成球试验，以检测TFAP4对球形HCC细胞自我更新能力的影响，与载体对照细胞相比，TFAP4转导的细胞形成了更多具有更高细胞数的球体，而TFAP4敲低的细胞形成的球体比对照细胞少，细胞数也少。
结论：结果表明TFAP4过度表达促进了HCC细胞在体外的致瘤性。
在动物实验中进行裸鼠皮下成瘤，经TFAP4转导的肝癌细胞形成的肿瘤明显大于对照细胞形成的肿瘤，相反，TFAP4敲降的细胞形成明显更小的肿瘤并且具有更低的致瘤性。
结论：这些结果表明TFAP4的过度表达促进了HCC细胞在体内的致瘤性。
接下来作者进行信号通路的研究。TFAP4基因表达与Wnt激活的基因信号呈正相关，与wnt抑制的基因信号为负相关。表明TFAP4可能激活Wnt/β-连环蛋白信号通路。此外，top/fop快速分析显示，TFAP4的过表达显著增加细胞中tcf/lef的转录激活，而TFAP4敲除则减弱。WB和免疫荧光分析表明，TFAP4的过表达显著增加了β-连环蛋白核信号，而TFAP4的敲除则降低其表达。同时，Wnt/β-连环蛋白信号下游靶点的基因水平在TFAP4转导的细胞中增加，在TFAP4敲低的细胞中减少。
结论：这些数据表明TFAP4过表达激活Wnt/β-连环蛋白信号通路。
为了进一步验证wnt/β-连环蛋白信号通路中TFAP4的下游靶位，我们进行了数据库分析和预测。ChIP分析证实TFAP4可以直接与DVL1和LEF1启动子结合。TFAP4过表达显著增加DVL1和LEF1启动子的活性和蛋白表达水平，而敲降TFAP4具有相反的作用。抑制DVL1或者LEF1显著降低过度表达细胞的成球能力和干细胞相关标记物的表达。
结论：这些数据表明TFAP4通过直接靶向并积极调节DVL1或者LEF1以激活Wnt/β-连环蛋白信号通路来增强肝癌细胞的致瘤性。
接下来，我们使用IHC分析检查了在HCC细胞中鉴定的Wnt/TFAP4/DVL1-LEF1轴是否与临床相关。TFAP4蛋白表达与DVL1，LEF1和活化β-连环蛋白水平呈正相关。在7个新收集的HCC组织样本中验证TFAP4表达与DVL1，LEF1和活化β-连环蛋白的表达呈正相关。
结论：HCC转录因子TFAP4的上调与DVL1和LEF1的表达呈正相关，这反过来激活Wnt/β-连环蛋白信号通路以增强HCC细胞的致瘤性。
1. 临床数据分析
2.TFAP4过度表达促进了HCC细胞在体外的致瘤性
3.TFAP4的过度表达促进了HCC细胞在体内的致瘤性
4.TFAP4通过直接靶向并积极调节DVL1或者LEF1以激活Wnt/β-连环蛋白信号5.临床病例验证